食环署是香港食物业及一些行业的发牌当局。
发牌工作
食肆、食物制造厂、新鲜粮食店、烘制面包饼食店、工厂食堂、烧味及卤味店、冰冻甜点制造厂、奶品厂、冻房和综合食物店均须向食环署申领牌照。
食环署又向店铺签发售卖限制出售食物的许可证，以供出售冰冻甜点、奶类、非瓶装饮料、凉茶、切开的水果、寿司及刺身、生蠔和生吃的肉类，以及以售卖机出售的食物等。食肆内的卡拉OK场所亦由食环署签发许可证。
食物业处所须符合有关部门所订的卫生规定及安全标准，才会获发牌照。
剧院、戏院和机动游戏机中心等公众娱乐场所、商营浴室、私家泳池、殡仪馆、殓葬业务、屠房和厌恶性行业均须申领行业牌照。
因应业界的要求，食环署自二零一二年九月起，加快处理有关在无须更改处所结构或间隔的持牌戏院进行现场直播活动的申请，把审批申请的时间由八个工作天缩短至四个工作天。
暂准牌照
为方便食物业尽早开业，本署推行暂准牌照制度。申请牌照的处所如符合有关卫生、楼宇安全和消防安全的基本规定，会获发暂准食物业牌照，有效期为六个月。在这段期间内，持牌人须履行所有尚未符合的规定，才可获发正式牌照。
二零一二年，本署共接获3,581宗食物业暂准牌照申请，并发出2,638个暂准牌照。牌照申请人如符合所有基本的发牌规定，可于一个工作天内在牌照签发办事处领取暂准牌照。
处理牌照申请及签发牌照
本署设有三个牌照办事处，分别位于港岛、九龙和新界，负责处理牌照申请。
年内，本署共接获和处理3,623宗食物业牌照申请（包括1,860宗食肆牌照申请）。此外，本署接获868宗售卖限制出售食物许可证申请、1,743宗公众娱乐场所牌照申请及51宗其他行业牌照申请。
因应食物业界的需要，本署每两个月举办一次"申请食肆牌照须知"讲座，向申领食肆牌照或有意经营食肆业务的人士讲解领牌事宜。
酒牌
凡售卖酒类饮品以供在处所内饮用，均须向独立法定机构酒牌局申领酒牌。
酒牌局通常每星期举行一次会议，处理有争议的申请个案。该局行使法定权力，定期检讨签发酒牌和监管领有酒牌处所的政策。本署为酒牌局提供行政和文书服务支援。
年内，酒牌局接获1,077宗新酒牌和会社酒牌申请，并签发907个新牌照。此外，共有5,874个酒牌和会社酒牌获准续期。
酒牌局定期举办酒牌事务研讨会，协助申请人和持牌人了解其法律责任和妥善管理处所的责任。年内，该局举办了12个研讨会，共有603名酒牌申请人和持牌人参加。
为改善酒牌申请的刊登公告方法，由二零一二年十一月十五日开始，酒牌申请人在报章刊登的申请公告会同时上载酒牌局的网页。
在十月二十一日至二十四日期间，酒牌局成员及食物及卫生局和本署人员前往新加坡，以了解当地的酒牌签发和规管制度，并与新加坡酒牌局成员交流意见。
巡查工作
卫生督察定期巡查持牌食物业处所，确保持牌人遵守发牌及持牌条件，并符合法例订明的卫生标准。除例行巡查外，高级人员会进行督导巡查。此外，卫生督察定期巡查获发行业牌照的处所，例如戏院、商营浴室及私家泳池等。
本署采用按风险程度分类巡查制度，规管持牌食物业处所。本署根据持牌食物业处所的风险类别和卫生水平，订定巡查次数。巡查时除检查一般的卫生情况外，还着重食物安全及提供卫生教育。
执法工作
食物业经营者如违反公众卫生法例，会被检控。按照本署推行的违例记分制，屡犯者可能会被暂时吊销或取消牌照。此外，根据警告信制度，多次违反发牌或持牌条件者可能会被取消牌照。
此外，本署采取严厉措施，对付无牌食物业处所，包括检控违例者，即时拘捕屡犯者，以及向法庭申请封闭食物业处所。
二零一二年对持牌及无牌食物业处所采取执法行动的统计数字
| 持牌食物业处所 | |
|---|---|
| 持牌食物业处所数目 | 23,670个 |
| 巡查数目 | 204,384次 |
| 检控数目 | 4,231宗 |
| 暂时吊销牌照数目 | 237个 |
| 取消牌照数目 | 45个 |
| 无牌食物业处所 | |
| 检控数目 | 4,466宗 |
| 封闭食物业处所 | |
| 发出封闭令数目 | 0份 |
卫生经理／卫生督导员计划
实施卫生经理∕卫生督导员计划的目的，是促使食物业处所加强食物安全的监督工作。根据计划，所有大型食店∕食物工场及制造高风险食物的食店∕食物工场均须委任卫生经理及卫生督导员各一名，其他食店∕食物工场则须委任一名卫生经理或卫生督导员。至于属同一持牌人并位于同一超级市场或美食广场内的食物业处所，可就有关的个别牌照委任同一人为卫生经理或卫生督导员。
本港有多间院校和职业训练中心提供本署认可的卫生经理或卫生督导员课程。卫生经理培训课程的修读时间约16至20小时，卫生督导员培训课程则约六小时。自二零零一年十二月起，本署为持牌食物业处所的督导人员提供免费的卫生督导员培训课程。截至二零一二年年底，本署共开办了1,764个卫生督导员课程，培训83,378名卫生督导员，各院校和职业训练中心则培训了30,912名卫生经理。
屠房
香港的鲜肉（即牛肉、猪肉和羊肉）由三间分别位于上水、荃湾和长洲的持牌屠房供应。本署监管持牌屠房的运作，确保符合环境和卫生标准，并打击非法屠宰活动。
为保障公众健康，由持牌屠房屠宰的食用牲口在屠宰前后均须接受检验，确保适宜供人食用，才可运往市场售卖。年内，本署对怀疑非法屠房采取了150次扫荡行动和监察巡查，对新鲜粮食店和街市肉档则进行了4,917次突击巡查，以防止贩商售卖由非认可来源提供的肉类。本署亦密切监察把冰鲜肉类当作新鲜肉类出售的不当行为。