本署另一项主要职责，是保持香港的居住环境清洁卫生。有关服务包括清洁街道，收集废物，管理公厕及旱厕、公众街市、坟场、火葬场和灵灰安置所，以及管理小贩。
清扫街道
本署及洁淨服务承办商辖下共有约10,200名洁淨工人，提供多项洁淨服务，包括清扫和清洗街道、清理沟渠、收集废物，以及管理公厕、旱厕和垃圾收集站。
清扫街道对保持市容整洁非常重要。视乎个别地区的需要，洁淨工人每天以人手清扫所有街道一至四次，行人众多的地区或热门旅游点，则每天清扫多达八次。
除以人手清扫街道外，本署也会调配机械扫街车清扫公路、天桥、道路中央分隔栏和其他交通繁忙地点。如有需要，本署会调派特别洁淨队清理卫生黑点。洁淨队配备卸斗货车，清理扫街工人无法处理的大件弃置物品和笨重废物。遇有交通意外或天灾，洁淨队会负责紧急清理工作。
为方便市民，本署在全港各巴士站、主要路口、渡轮码头及公共运输交汇处共设置约21,020个废屑箱，视乎个别地区的需要，废屑箱每天清倒一至八次。此外，本署提供约490个狗厕所和1,460个狗粪收集箱。
清洗街道
本署定期清洗公众地方，包括行人道、里巷、小贩认可区、垃圾收集站及卫生黑点。本署人员和洁淨服务承办商员工组成110支洗街队，人流频繁的行人专用区和小贩∕卫生黑点每星期至少清洗街道两次，繁忙地区每星期至少清洗一次，而其他地区则视乎需要而定。至于交通繁忙的主干道路，由于难以提供一般的清洗服务，洁淨工人会在非繁忙时间进行冲洗。
清理沟渠
路边的沟渠每两至四星期以人手清理一次。公路和天桥的集水沟气隔则每六星期以机械清渠车清理一次，清理工作会在午夜后车辆较少时进行。
本署约75%的街道洁淨服务外判，并设立监察和惩处机制，确保承办商提供符合要求的服务。
收集垃圾
本署在全港设有3,231个垃圾收集站，包括159个永久离街垃圾收集站、25个临时垃圾收集站、681个乡村式垃圾收集站，以及2,366个垃圾桶站。永久离街垃圾收集站的开放时间一般由上午7时至下午3时30分，繁忙地区则至晚上11时30分。垃圾收集站采用不同的设计，因地制宜，配合实际需要。垃圾收集站用作暂时存放街道垃圾和家居废物，以待收集处理。只要情况许可，本署会对垃圾收集站作出改善，以尽量减少收集站对附近居民可能造成的环境滋扰。
垃圾收集站的废物每天至少收集一次。本署每天收集约5,300公吨家居废物，其中港岛区占1,060公吨，九龙区1,630公吨，新界和离岛区2,610公吨。这些废物会运往环境保护署辖下的废物转运站或堆填区处理。
本署大约72%的垃圾收集服务外判，并设立监察和惩处机制，确保废物收集承办商提供符合要求的服务。
减少废物
为响应政府减少废物的政策，本署提供可循环再造物料收集服务，为3,199个分别设于公众地方、学校、诊所及政府场地的回收点收集废纸、金属和塑胶物料。
年内，本署平均每月收集到的可循环再造物料，分别是废纸47,740公斤、金属1,305公斤和塑胶物料13,515公斤。
此外，本署的车队尽量使用翻新轮胎。过去一年，使用新轮胎与翻新轮胎的比率为1比0.342。
公厕及旱厕
公厕主要设于旅游点及繁忙地区，包括渡轮码头、巴士总站及郊游地点。由本署管理的公厕合共580个，其中港岛区有95个、九龙区62个、新界和离岛区423个。此外，新界和离岛区设有272个旱厕。
本署继续进行公厕翻新∕改善计划，年内共完成14项工程。本署致力使公厕更加卫生、安全和舒适，并已在多个公厕安装新设施，例如红外线自动感应水龙头、干手机、专为儿童而设的尿兜和洗手盆、婴儿换尿片枱，以及厕格内供使用者放置个人物品的置物架。现时所有公厕均已装设空气清新设备，并免费供应厕纸。为确保公厕时刻保持清洁，本署在使用频繁的公厕派驻厕所事务员，提供即时洁淨服务。
按照政府把性别观点纳入主流的政策，以及确保工程的设计顾及两性的需要，本署把男女厕格的规划比率一般定为1比2。
本署在二零一零年继续进行旱厕改建计划，以期在二零一三年或之前分阶段把所有旱厕改建为冲水式厕所。本署于二零零八年十一月开始改建80个旱厕，计划于二零一零年年中或之前完成。本署已于年内按上述计划改建了工程中余下的最后29个旱厕。本署已于二零零九年十一月开始改建另外90个旱厕，工程预计于二零一一年年中完成，其中13个旱厕已于年内改建为冲水式厕所。此外，本署正计划展开最后一期工程，以改建另外145个旱厕，这期工程将于二零一三年或之前完成。
至于仍待改建或因工地限制而无法进行改善工程的旱厕，本署会使用微生物除味剂减轻臭味，并为使用者免费提供厕纸和枧液。此外，本署积极推行计划，在全港旱厕加装电动干手机。
环境卫生滋扰
本署负责处理环境卫生滋扰问题(包括楼宇渗水、冷气机滴水和垃圾堆积)，并会向有关人士发出劝诫信和法定妨扰事故通知，以确保滋扰问题获得处理。二零一零年，本署处理上述三类环境滋扰投诉个案的数字分别约为25,700宗、18,500宗和5,300宗。
违反清洁法例的行为
本署的卫生督察、管工及小贩管理职系人员均获授权向干犯洁淨罪行的人发出传票。除了日常执法工作外，本署亦会采取突击行动，检控乱抛垃圾者。年内，约有560宗违反清洁法例而被法庭定罪的个案。
《定额罚款(公众地方洁淨罪行)条例》授权执法人员向干犯轻微洁淨罪行的人发出1,500元定额罚款通知书。轻微洁淨罪行包括在公众地方乱抛垃圾、随地吐痰、未经准许而展示招贴或海报，以及让犬只粪便弄污公众地方。二零一零年，本署人员共发出约33,000份定额罚款通知书。
小贩管理
当局一贯的政策，是妥善规管持牌摆卖活动，并对无牌小贩采取执法行动。对于无牌售卖熟食或限制出售食物，或在主要通道、行人络绎不绝的地方或市民经常投诉的地点摆卖活动，本署一律会依例执法。然而，如非上述情况，本署执法人员采取"先警告、后检控"的方针行事。本署会继续按上述方针监察街上摆卖活动。
持牌小贩(包括固定摊位小贩和流动小贩)的数目逐年下降。截至二零一零年年底，本港共有7,171名持牌小贩。当局就小贩发牌政策检讨的建议征询持份者和立法会食物安全及环境卫生事务委员会的意见后，本署会重新签发指定数目的特定类别的小贩牌照予有意经营者。这些牌照包括61个新流动小贩(冰冻甜点)牌照、就街上空置小贩摊位发出的218个固定摊位(其他类别)小贩牌照、八个固定摊位(擦鞋)小贩牌照，以及八个售卖烟草和其他干货的固定摊位(其他类别)小贩牌照。
此外，为保育属于香港本土文化的大牌档，本署在有关区议会的支持下，放宽中区十个大牌档牌照的转让和桌椅数量等限制。
本署考虑有关小贩的诉求后，将流动小贩自愿交回牌照计划中领取30,000元特惠金和优先选租空置固定小贩摊位方案的有效期延长两年至二零一二年十二月三十一日止，而以特惠租金优先选租公众街市空置摊档的方案，则如期于二零一零年十二月三十一日终止。
本署设有191支由受训人员组成的小贩事务队，成员总数约为2,100人，负责小贩管理和管制工作。
小贩管理人员定期巡视固定小贩摊位，以及规管在街上摆卖的流动小贩，确保小贩遵守持牌条件和相关法例。此外，他们会采取执法行动，遏止持牌小贩违例摆卖和取缔非法摆卖活动。二零一零年，涉及摆卖而被法庭定罪的违例个案共有29,811宗。
年宵市场
本署于二零一零年二月八日至十四日期间，在12个地区举办共14个年宵市场，及在二月十四日至二十八日期间在两个地区设立两个新春市场。这些市场共设有约2,000个摊位，售卖时花和植物、传统食品、节日布置用品、干货和快餐等，并提供占卜和解籤服务。年宵∕新春市场不仅为市民和游客增添消閒购物好去处，更令农历新年倍添节庆气氛。
公众街市及熟食中心／市场
公众街市和熟食中心∕市场的重要功能，是满足市民对新鲜粮食、熟食和干货的需求。本港共有78个公众街市，设有13,534个摊档，售卖新鲜食物以至家居用品等货品。此外，还有39个熟食中心和25个独立熟食市场，共设有1,047个摊档。截至二零一零年年底，有12,267个摊档租出，1,236个摊档空置和1,078个摊档因迁置安排和改善工程等原因而冻结。摊档以竞投方式出租，成功的投标者须与本署签订租约。
本署于二零一零年五月推出一次性租约转让安排，使公众街市摊档经营者的身分正规化。合资格人士可于二零一一年六月三十日或之前提交申请。
为了令公众街市的服务更多元化，以及善用街市的空置摊档，本署于二零一零年十月推行先导计划，把空置八个月或以上的摊档以优惠底价推出竞投，以三个月短期租约出租。截至二零一零年年底，根据这计划租出的摊档共有11个。在处理出租率低而且没有活化潜力的街市方面，本署得到有关区议会支持，于二零一零年三月关闭旺角街市，并分别于二零一零年六月和十二月，把灯笼洲街市和坪洲街市由两层整合为一层。
年内，本署在公众街市和熟食中心∕市场举办多项推广活动，以广招徕。这些活动包括在农历新年、端午节、中秋节和圣诞节期间布置节日装饰和举办庆祝活动；举办专题展览、专题讲座和烹饪示范；印制图文并茂的小册子，以多种语言介绍公众街市常见的食品、用品和服务行业；以及加设"今日买乜餸"展示板，列出时令食谱。此外，本署亦印制公众街市和熟食市场资料小册子，并出版《街市通讯》季刊，广泛派发予市民。
街市管理人员每天巡视街市，确保摊档经营者遵守有关法例和租约条款。卫生督察定期巡查肉档、家禽档、鱼档和熟食档，确保符合相关法例和卫生守则的规定，以及保持食物清洁卫生。如有需要，他们会采取执法行动，检控违例者。二零一零年，本署检控违例街市摊档经营者的个案有1,056宗。此外，本署调查多宗怀疑分租个案，结果有两份街市摊档租约被本署终止，另有两份租约由承租人自愿退还。
加强预防禽流感的措施
为加强防范人类感染禽流感，本署自二零一零年四月起，增加巡查余下133个活家禽零售点的次数，防止有人在零售处所存留活家禽过夜。在中秋节、冬至和农历新年等中国主要传统节日，零售点囤积活家禽的情况普遍，本署会进一步增加巡查次数。
加强预防人类猪型流感的措施
为防止人类猪型流感在社区蔓延，立法会财务委员会于二零零九年七月通过拨款9,900万元，供本署推行一系列特别措施，改善环境卫生情况。本署已完成的改善措施包括彻底清理105个卫生黑点；为大约5,000幢没有成立管理组织的私人唐樓提供一次过的公用地方清洁服务；在公众街市、公厕、繁忙街道和持牌食物业处所附近的后巷进行加强清洁和消毒工作；以及加强有关保持个人、家居及环境卫生的宣传及教育活动。
在宣传及公众教育计划方面，本署举办了一系列抗流感活动，向公众宣传保持个人、家居及环境卫生的信息。这些活动包括于六个不同分区举办"保持卫生、健康人生"活动日；派发十万本以多种语言编写的个人及家居卫生小册子；向非华语学童就读的学校派发四万个宣传个人及环境卫生信息的书籤；于公众街市举办有关抗流感措施和食疗的展览、摊位游戏、讲座和烹饪示范；以及向公众街巿和熟食巿场的租户及顾客和卫生教育展览及资料中心的访客派发逾12万份清洁用品包。
坟场、火葬场及灵灰安置所
本署辖下有六个火葬场和11个公众坟场，提供火葬及土葬服务。此外，本署根据《私营坟场规例》，监察28个私营坟场的运作。在公众坟场土葬的遗骸须于安葬六年后捡拾骨殖，然后火化或重新安葬于金塔坟场。
政府的一贯政策是鼓励以火葬取代土葬。年内，共有38,006具遗体(约占89%)火化。本署正在和合石火葬场和歌连臣角火葬场进行工程，提升火葬设施，增加火化量及提高效率，以应付市民对火葬服务日益增加的需求。此外，本署亦不时引进符合环保规定的火葬设施。
为方便市民预订六个公众火葬场(即歌连臣角、钻石山、富山、和合石、葵涌和长洲火葬场)的火化时段，本署在湾仔胡忠大厦和九龙长沙湾政府合署设有办事处，市民可亲自前往办理预订手续。
本署辖下的八个公众灵灰安置所设有约167,900个价格相宜的灵灰龛位。本署积极推动可持续的埋葬及悼念方式。为提供更多其他处理骨灰的方法供市民选择，政府鼓励市民把先人骨灰撒在指定香港水域或本署辖下的八个纪念花园。二零一零年一月，本署推出先导计划，逢星期六提供免费渡船服务，方便市民将先人骨灰撒海。二零一零年，本署处理了804宗骨灰撒海和1,171宗骨灰撒放纪念花园的申请，较二零零九年的申请(分别为279宗和650宗)为多。
二零一零年六月，本署推出网上追思服务，市民可随时随地在特设网页(memorial.gov.hk)追思悼念逝去的挚爱亲友 。