本署另一项主要职责，是保持香港的居住环境清洁卫生。有关服务包括清洁街道，收集废物，管理公厕及旱厕、公众街市、坟场、火葬场和灵灰安置所，以及管理小贩。
清扫街道
本署及洁淨服务承办商辖下共有约10,100名洁淨工人，提供多项洁淨服务，包括清扫和清洗街道、清理沟渠、收集废物，以及管理公厕、旱厕和垃圾收集站。
清扫街道对保持市容整洁非常重要。视乎个别地区的需要，洁淨工人每天以人手清扫所有街道一至四次，行人众多的地区或热门旅游点，则每天清扫多达八次。
除以人手清扫街道外，本署也会调配机械扫街车清扫公路、天桥、道路中央分隔栏和其他交通繁忙地点。如有需要，本署会调派特别洁淨队清理卫生黑点。洁淨队配备卸斗货车，清理扫街工人无法处理的大件弃置物品和笨重废物。遇有交通意外或天灾，洁淨队会负责紧急清理工作。
为方便市民，本署在全港各巴士站、主要路口、渡轮码头及公共运输交汇处共设置约20,900个废屑箱，视乎个别地区的需要，废屑箱每天清倒一至八次。此外，本署提供约510个狗厕所和1,330个狗粪收集箱 。
清洗街道
本署定期清洗公众地方，包括行人道、里巷、小贩认可区、垃圾收集站及卫生黑点。本署人员和洁淨服务承办商员工组成112支洗街队，人流频繁的行人专用区和小贩∕卫生黑点每星期至少清洗街道两次，繁忙地区每星期至少清洗一次，而其他地区则视乎需要而定。至于交通繁忙的主干道路，由于难以提供一般的清洗服务，洁淨工人会在非繁忙时间进行冲洗。
清理沟渠
路边的沟渠每两至四星期以人手清理一次。公路和天桥的集水沟气隔则每六星期以机械清渠车清理一次，清理工作会在午夜后车辆较少时进行。
本署已把大约71%的街道洁淨服务外判，并设立监察和惩处机制，确保承办商提供的服务令人满意。
收集垃圾
本署在全港设有3,220个垃圾收集站，包括158个永久离街垃圾收集站，25个临时垃圾收集站，678个乡村式垃圾收集站，以及2,359个垃圾桶站。永久离街垃圾收集站的开放时间一般由上午7时至下午3时30分，繁忙地区则至晚上11时30分。垃圾收集站采用不同的设计，因地制宜，配合实际需要。垃圾收集站用作暂时存放街道垃圾和家居废物，以待收集处理。只要情况许可，本署会作出改善，以尽量减少垃圾收集站对附近居民可能造成的环境滋扰。
本署负责从垃圾收集站收集家居废物，每天至少收集一次。本署每天收集约5,220公吨家居废物，其中港岛区占1,050公吨，九龙区1,610公吨，新界和离岛区2,560公吨。这些废物会运往环境保护署辖下的废物转运站或堆填区处理。
本署已把大约72% 的垃圾收集服务外判，并设立监察和惩处机制，确保废物收集承办商提供的服务令人满意。
减少废物
为响应政府减少废物的政策，本署提供可循环再造物料收集服务，为2,577个分别设于公众地方、学校、诊所及政府场地的回收点收集废纸、金属和塑胶物料。
年内，本署平均每月收集到的可循环再造物料，分别是废纸45,945公斤、金属745公斤和塑胶物料10,480公斤。
此外，本署的车队尽量使用翻新轮胎。过去一年，使用新轮胎与翻新轮胎的比率为1比0.43 。
公厕及旱厕
公厕主要设于旅游点及繁忙地区，包括渡轮码头、巴士总站及郊游地点。由本署管理的公厕合共539个，其中港岛区有95个、九龙区63个、新界和离岛区381个。此外，新界和离岛区设有314个旱厕。
本署继续进行公厕翻新∕改善计划，年内共完成18项工程。本署致力使公厕更加卫生、安全和舒适，并已在多个公厕安装新设施，例如红外线自动感应水龙头、干手机、专为儿童而设的尿兜和洗手盆、婴儿换尿片枱，以及厕格内供使用者放置个人物品的置物架。现时所有公厕均已装设空气清新设备，并免费供应厕纸。为确保公厕时刻保持清洁，本署在使用频繁的公厕派驻厕所事务员，提供洁淨服务。
按照政府把性别观点纳入主流的政策，以及确保工程的设计顾及两性的需要，本署把男女厕格的规划比率定为1比2。
本署在二零零九年继续进行旱厕改建计划，以期在二零一三年或之前分阶段把所有旱厕改建为冲水式厕所。本署于二零零七年十一月开始改建50个旱厕，于二零零九年五月或之前完成，工程中余下的26个旱厕已按计划全部于年内改建为冲水式厕所。本署已于二零零八年十一月开始改建另外80个旱厕，工程预计于二零一零年年中或之前完成，其中51个旱厕已于年内改建为冲水式厕所。此外，本署亦已于二零零九年十一月展开下一期工程，以改建另外90个旱厕，这期工程将于二零一一年年中或之前完成。
至于仍待改建或因工地限制而无法进行改善工程的旱厕，本署会使用微生物除味剂减轻臭味，并为使用者免费提供厕纸和枧液。此外，本署积极推行计划，在全港旱厕加装电动干手机。
环境卫生滋扰
本署负责处理环境卫生滋扰问题，包括楼宇渗水、冷气机滴水和垃圾堆积，并会向有关人士发出劝诫信和法定妨扰事故通知，以确保滋扰问题获得处理。二零零九年，本署就上述三类环境滋扰分别处理了约21,700宗、17,700宗及6,000宗投诉个案。
违反清洁法例的行为
本署的卫生督察、管工及小贩管理职系人员均获授权向干犯洁淨罪行的人发出传票。除了日常执法工作外，本署亦会采取突击行动，检控乱抛垃圾者。年内，约有590宗违反清洁法例而被法庭定罪的个案。
《定额罚款(公众地方洁淨罪行)条例》授权执法人员向干犯轻微洁淨罪行的人发出1,500元定额罚款通知书。轻微洁淨罪行包括在公众地方乱抛垃圾、随地吐痰、未经准许而展示招贴或海报，以及让犬只粪便弄污公众地方。二零零九年，本署人员共发出约34,000份定额罚款通知书。
小贩管理
本署一直采取减少街头摆卖活动的政策。自七十年代起，本署在一般情况下不再签发新的小贩牌照，并把合资格的持牌小贩迁置到公众街市和熟食中心经营。此外，本署又向小贩提供优惠，鼓励他们放弃牌照或迁入公众街市或熟食中心经营。这些措施实施后，持牌小贩(包括固定摊位小贩和流动小贩)数目在二零零九年年底已减至7 048人。
近年越来越多社会人士希望保存本地文化传统(包括摆卖活动和露天市集)。食物及卫生局联同本署检讨小贩发牌政策，包括研究可否在不影响环境卫生的前提下，再次签发新的小贩牌照，以及放宽小贩牌照的继承和转让规定。此外，有建议在小贩发牌和地区层面的小贩市集管理工作两方面，加强区议会的角色。本署就初步建议谘询立法会食物安全及环境卫生事务委员会、18个区议会、超过20个小贩团体和持份者后，签发新的流动小贩(冰冻甜点)牌照让公众人士公开申请在街上摆卖雪糕，亦推出空置固定摊位供毗邻的前排摊位持牌人租用，以及准备把余下的空置摊位编配予有意加入小贩行业的市民。如得到有关区议会支持，本署将会放宽大牌档牌照的继承和转让限制，以助保存本地文化传统。此外，本署谘询有关区议会后，已向八名在中区经营的擦鞋匠签发小贩牌照。
本署设有191支由受训人员组成的小贩事务队，成员总数约为2,100人，负责小贩管理和管制工作。如有需要，本署会在警署设立小贩处理中心，方便办理检控被捕小贩的手续。
小贩管理人员定期巡视固定小贩摊位，以及规管在街上摆卖的流动小贩，确保小贩遵守持牌条件和相关法例。此外，他们会采取执法行动，遏止持牌小贩违例摆卖和取缔非法摆卖活动。二零零九年，与摆卖有关而被法庭定罪的违例个案共有31,337宗。
年宵／新春市场
本署于二零零九年一月二十日至二月九日期间，在12个地区举办了16个年宵∕新春市场，共设有约2,000个摊位，售卖时花和植物、传统食品、节日布置用品、干货和快餐等，并提供占卜和解籤服务。年宵∕新春市场不仅为市民和游客增添消閒购物好去处，更令农历新年倍添节庆气氛。
公众街市及熟食中心／市场
公众街市及熟食中心或市场售卖新鲜粮食、熟食及干货，以满足市民的需要。本港共有79个公众街市，设有13,732个摊档，售卖新鲜食物以至家居用品等货品。此外，还有39个熟食中心和25个独立熟食市场，共设有1,029个摊档。二零零九年，有12,104个摊档租出，1,827个摊档空置及830个摊档因迁置安排和改善工程等原因而冻结。摊档以竞投方式出租，承租人须与本署签订租约。
为了令公众街市的服务更多元化，以及善用街市的空置摊档，本署在六月于六个公众街市推出八个小食及烘制包饼摊档和33个服务行业摊档。截至二零零九年年底，这些摊档已租出约七成。此外，本署由三月起，以市值租金八折或六折的较优惠底价，把长期空置摊档推出作公开竞投。截至二零零九年年底，有超过一半的这些空置摊档顺利租出。另外，二零零九年四月，本署在油尖旺区议会支持下关闭人流疏落的金巴利街街市。
年内，本署的街市推广小组在选定的公众街市推行活动，包括举办应节活动、烹饪示范和节日装饰、专题巡迴展览，以及专题讲座或工作坊。本署印制公众街市和熟食市场资料小册子，并出版《街市通讯》季刊，广泛派发予市民。
街市管理人员每天巡视街市，确保摊档承租人遵守有关法例及租约条款。卫生督察定期巡查肉档、家禽档、鱼档和熟食档，确保档户遵守相关的法例和卫生守则，保持食物清洁卫生。如有需要，他们会采取执法行动，检控违例者。二零零九年，本署检控违例街市租户的个案有949宗。此外，本署调查多宗怀疑分租个案，结果有一名租户被终止租约，另有11名租户退租。
加强预防禽流感病毒的措施
为防止病毒在零售点积聚，当局于二零零八年七月二日实施《食物业(修订)规例》，禁止在零售处所存留活家禽过夜。为保障公众健康，并进一步减低人类感染禽流感的风险，当局于二零零八年七月实施结业特惠补助金计划，让活家禽零售商可自愿放弃售卖活家禽准许，以领取特惠补助金。这项计划共有328名活家禽零售商参加。
加强预防人类猪型流感的措施
为防止人类猪型流感在社区蔓延，立法会财务委员会通过拨款9,900万元，供本署推行一系列特别措施，改善环境卫生情况。有关措施包括：加强公众街市的清洁和消毒服务；加强洗街服务，清洗位于持牌食物业处所、小贩聚集地区和街市附近的后巷；在没有厕所事务员的旱厕及公厕增加清洗和消毒的次数；为没有成立管理组织的私人樓宇提供一次过的公用地方清洁服务；以及加强环境卫生黑点的清洁工作和继续加强公共洁淨服务。本署自八月一日起陆续推行这些措施。
在宣传及推广方面，本署除了在大约40个公众街市举办展览、游戏摊位、讲座和烹饪示范外，并举行了三场《保持卫生、健康人生》活动日，向公众(包括家庭佣工及新来港人士)宣传保持个人及家居卫生的信息，以及向居港的少数族裔人士派发10万本以九种东南亚语文编写的卫生小册子，提高他们对个人、家居及环境卫生的意识。
此外，食物及卫生局、卫生署与本署联合出版了《洁淨保健康》小册子，并印制了300万本派发予市民和全港所有住户，以配合五月十日举行的"全城清洁日"。
坟场、火葬场及灵灰安置所
本署辖下有六个火葬场和11个公众坟场，提供火葬及土葬服务。此外，本署根据《私营坟场规例》，监察28个私营坟场的运作。在公众坟场土葬的遗骸须于安葬六年后捡拾骨殖，然后火化或重新安葬于金塔坟场。
政府的一贯政策是鼓励以火葬取代土葬。年内，共有36,486具遗体(约占89%)火化。本署正在和合石火葬场和歌连臣角火葬场进行改进火葬设施工程，增加火化量及提高效率，以应付市民对火葬服务日益增加的需求。此外，本署亦会引进符合环保规定的火葬设施。
为方便市民预订六个公众火葬场(即歌连臣角、钻石山、富山、和合石、葵涌和长洲火葬场)的火化时段，本署在湾仔胡忠大厦和九龙长沙湾政府合署设有办事处，市民可亲自前往办理预订手续。
本署辖下的八个公众灵灰安置所设有约167,900个价格相宜的灵灰龛，当中包括钻石山灵灰安置所于年内建成的约18,500个新灵灰龛。为纾缓公众灵灰龛短缺的情况，政府鼓励市民把先人骨灰撒海或撒放在纪念花园。二零零九年，本署处理了279宗骨灰撒海和650宗骨灰撒放纪念花园的申请，较二零零八年的申请（分别为243宗和383宗）为多。为推广骨灰撒海的风气，本署正筹办于二零一零年初推出免费渡船服务先导计划，方便市民将先人骨灰撒海。