本署其中一项主要职责，是保持香港市民的居住环境清洁卫生。本署在这方面提供的服务，包括清洁街道、收集垃圾、提供公厕、公众街市和火葬场，以及管理小贩。
清洁街道
本署约有3,800名洁淨工人，每天清扫和清洗街道、收集垃圾，以及管理公厕、公共浴室和垃圾收集站。
清扫街道对保持市容整洁非常重要。清扫工人从早到晚不停工作。清扫街道的次数由每天一次至八次不等，不分昼夜，视乎个别地区的需要而定。在主要的商业区和旅游地点，每天清扫街道的次数约为四次至八次。
由二零零一年十一月开始，本署针对地区的环境问题，推行多项崭新的清洁措施，包括调派长驻街道清洁值勤员在繁忙地点即时清理街上垃圾、清除非法张贴的招贴或海报，以及派遣流动洁淨队清理卫生黑点。二零零三年年初严重急性呼吸系统综合症爆发后，公众对保持环境清洁卫生的意识不断提高。为配合全城清洁策划小组报告提出的改善香港环境卫生措施，本署提供了以下各项加强清洁和与洁淨有关的服务︰
- 加强清洁和清洗公众地方及环境卫生黑点；
- 清洁和清洗私人小巷、旧式唐楼的公用地方，以及在该等地方进行小型维修工程和扫灰水；
- 加强防治鼠患和蚊患工作；以及
- 更频密清洗街市、熟食中心和小贩摆卖地点，以及增加清理街上袋装垃圾的次数。
除以人手清扫街道外，本署的承办商还用机动扫街车清洁公路、天桥、道路中央分隔栏和其他交通繁忙地区。如有需要，本署会派出特别洁淨队清理卫生黑点。他们配备货车和客货车以供使用，并积极参与大规模行动，清理扫街工人无法处理的大件弃置物品和笨重物件。如发生交通意外或天灾，特别洁淨队亦负责紧急清理工作。
要保持行人道、小巷、小贩区及街头垃圾收集站清洁，必须清洗街道。街道清洗服务除由洁淨服务承办商提供外，本署亦有47辆洗街车，日夜清洗街道。繁忙大街、街市和小贩区每天清洗一次，乡村道路则在有需要时清洗。至于交通非常繁忙的主干道，冲洗方法是以高压把水喷洒在排水明渠和中央分隔栏处。
路边的沟渠通常每两星期以人手清理一次，以及每星期加入灭蚊油，以防蚊虫滋生。至于高速公路和天桥上的集水沟气隔，则使用特别设备每六星期清理一次。现时，本署调配署内的八辆机械清渠车和承办商的六辆机械清渠车来提供服务，并通常在午夜后车辆较少时才进行工作。
收集垃圾
为方便市民，本署几乎在全港各巴士站、主要路口、渡轮码头大堂及公共运输交汇处都设有废屑箱。废屑箱的清倒次数视乎收集量而定，由每天四次至八次不等。本署共设置约18,000个废屑箱。此外，本署亦设置约454个狗厕和697个狗粪收集箱，方便养狗人士。
为鼓励市民监察本署及洁淨服务承办商员工的工作表现，本署在废屑箱上列明清倒次数。另外，所有新设的废屑箱均印上热线号码2868 0000，方便市民查询和投诉。
本署在全港各处共设有2,920个垃圾收集站，包括157个永久离街垃圾收集站、95个临时垃圾收集站、812个乡村式垃圾收集站，以及1,856个垃圾桶放置处。各垃圾收集站都有不同的设计，以配合实际需要和实地环境。垃圾收集站是用作暂时贮存街道废物和家居废物，以待收集处理。只要情况许可，本署会改善现有废物收集服务，务求尽量减少对附近居民可能造成的滋扰。
本署从公众垃圾收集站收集家居废物，每天至少一次。垃圾收集站通常由上午七时开放至下午三时三十分；繁忙地区的垃圾收集站则开放至晚上十一时三十分。本署共有224辆垃圾收集车，负责把各垃圾收集站的废物运走。本署每天收集到大约5,899公吨家居废物，其中港岛占1,268公吨，九龙占1,851公吨，新界和离岛则占2,780公吨。本署的垃圾收集车会把这些废物运往环境保护署辖下的废物转运站或堆填区处理。
减少废物
为响应政府的减少废物纲要计划(1998-2007)，本署为设于公众地方、学校、诊所及政府辖下场地的1,938个废物回收站，提供收集废纸、铝罐和胶樽服务。本署会在新建的垃圾收集站预留地方，设置废物回收站，以便分开收集和贮存可循环再造的物料。
本署收集到的可循环再造物料日益增加，可见市民十分支持这项计划。年内，每月收集到可循环再造物料的平均重量，分别是废纸57,113公斤、铝罐943公斤及胶樽17,167公斤。
为配合政府推行减少废物和保护环境的政策，本署参与采用翻新轮胎的试验计划。这项计划不但减少弃置旧轮胎的数目和减轻车辆的维修成本，更能达到减少废物的目的。本署初期只选择垃圾收集车试用翻新轮胎，如试验成功，便会把这项计划推广至其他类别的车辆。
公厕及公共浴室
本署已展开公厕翻新计划，改善现有的公厕设施。年内，本署改善了51个公厕的设施，并会继续致力令公厕更加卫生、安全和舒适。现时所有公厕均有免费厕纸供应。
公厕主要设于渡轮码头大堂、巴士总站、郊游地点、旅游点及其他繁忙地区。由本署管理的公厕共有306个，其中94个在港岛，61个在九龙，151个在新界和离岛。此外，新界和离岛共设有551个乡村旱厕。
本港一些旧区现时仍有设备欠佳的住宅楼宇。本署在这些地区共设置28个公共浴室，其中7个在港岛，11个在九龙，10个在新界和离岛。
环境卫生滋扰
本署负责处理环境卫生滋扰问题，包括冷气机滴水、垃圾堆积、排水管损坏和建筑物渗水的问题，并会向有关人士发出劝诫信和法定通知。
违反清洁法例的行为
本署所有卫生督察、管工及小贩管理职系人员，均获授权向违反清洁法例的人发出传票。除了日常的执法行动外，本署亦会采取特别行动检举垃圾虫。年内，本署向违反清洁法例的人发出逾1,500张传票，罚款总额超过180万元。
《定额罚款(公众地方洁淨罪行)条例》(第570章)于二零零二年五月二十七日生效。该条例授权执法人员向犯了轻微洁淨罪行的人发出定额罚款通知书(罚款额为600元)。轻微洁淨罪行包括在公众地方乱抛垃圾、随地吐痰、未经准许而展示招贴或海报，以及让犬只粪便弄污公众地方。
为了加强规管和改善公众卫生情况，由二零零三年六月二十六日起，政府把定额罚款制度的罚款由600元提高至1,500元。年内，本署共发出超过17,000张定额罚款通知书。
小贩管理
为贯彻执行减少街头贩卖活动的政策，本署已停止签发新的小贩牌照，并把合资格的持牌小贩迁置到公众街市和熟食中心／市场经营。此外，本署又向小贩提供优惠，鼓励他们放弃牌照或迁入上述场所经营。这些措施实施后，持牌小贩(包括固定摊位小贩和流动小贩)人数在二零零三年年底已减至8,270名。
年内，共有138名流动小贩自愿交回牌照，以换取三万元特惠金或一个空置的固定摊位经营权，或以优惠租金租用一个街市档位。此外，五名熟食档经营者根据本署持续推行的购回小贩牌照计划自愿交回牌照，以换取六万元特惠金。
本署设有191支小贩事务队，属下有大约2,200名受过训练的人员，负责管理和管制小贩的任务。支援设施包括控制中心和捡获货物仓库。如有需要，警署内会设立小贩处理中心，方便办理检控被捕小贩的手续。
环境卫生人员定期巡视固定摊位，确保小贩遵守持牌条件和相关法例。他们又负责管理在街上贩卖的流动小贩，如有需要会采取执法行动，遏止违例情况。二零零三年，被定罪的个案共有1,595宗。
鉴于当前的经济状况，小贩管理队人员在处理街头贩卖活动时，暂时会继续采取经修订的执法策略，对售卖非食物类干货的小贩采取较容忍的态度。
公众街市及熟食中心／市场
公众街市及熟食中心／市场的设立，有助改善香港的整体环境卫生。本港现时有81个公众街市，共14,831个档位，售卖各种货品，由新鲜食物以至家居用品都有。此外，本港还有38个熟食中心和24个独立熟食市场，共1,048个档位。另有四个街市现正兴建或筹划兴建。
所有公众街市摊档均以竞投方式出租，档户须与本署签订租约。根据现行政策，大部分档户享有租金减免优惠。
本署现正在花园街街市、红磡街市、北葵涌街市和士美非路街市推行街市经理试验计划。计划的目的是从私营机构聘请资历较高并在专业管理方面有较丰富经验的人士，专责管理公众街市，藉以为公众街市的管理注入新意念和新构思，以便日后评估公众街市管理工作能否进一步改善。
本署管理街市的人员每天巡视街市的所有档位，确保档户遵守租约条文及有关法例。卫生督察则会定期巡查肉档、家禽档、鲜鱼档和熟食档，确保食物卫生及档户遵守相关的卫生守则和法例，保持食物清洁卫生。如有需要，他们会向违例人士采取执法行动。二零零三年，被定罪的个案共1,940宗。
坟场及火葬场
本署辖下的六个火葬场和11个公众坟场，提供有效率和庄严得体的火葬及土葬服务。此外，本署还管理28个私营坟场，并监察其运作。政府的一贯政策是鼓励市民采用火葬而非土葬。年内，本署为30,161具遗体(占总数82.8%)提供火葬服务。八个纪念花园设有137,939个灵灰龛，本署以合理价格售予市民安放骨灰。
在公众坟场土葬的遗骸，必须于六年后捡拾，然后火化或重葬于金塔坟场。
由于本港人口老化，以及市民对火葬服务的需求不断增加，本署现正计划改善火葬设施。
新设施
葵涌火葬场的新设施已于二零零三年三月底投入服务；富山火葬场的新设施，预定于二零零四年年中启用。
为尽量减少火葬设施对环境的影响，只要情况许可，本署会兴建火化量较大、效率更高但不会影响环境的火葬设施。本署现正积极筹划更换钻石山火葬场及和合石火葬场的火化炉。
本署已定下计划，分期改善火葬场的仪式礼堂。歌连臣角火葬场的西式礼堂计划于二零零四年翻新。
本署辖下设有六个公众火葬场，即歌连臣角火葬场、钻石山火葬场、富山火葬场、和合石火葬场、葵涌火葬场和长洲火葬场。为方便市民预订上述火葬场的火化时段，本署于湾仔胡忠大厦和九龙长沙湾政府合署设有办事处，市民可亲自前往办理预订手续。