食物环境卫生署是香港食物业及一些行业的发牌当局。
发牌工作
食肆、食物制造厂、新鲜粮食店、烘制麪包饼食店、工厂食堂、烧味及卤味店、冰冻甜点制造厂、奶品厂和冻房均须向本署申领牌照。此外，本署又签发许可证给某些店铺，以供售卖限制出售的食物，如冰冻甜点、奶类、非瓶装饮料、凉茶、切开售卖的水果、寿司及刺身、不经烹煮而食用的蠔和肉类，以及经售卖机出售的食物等。卡拉OK场所的许可证亦由本署签发。
食物业处所须符合法例所订明的安全及卫生标准，才会获发牌照。
剧院、戏院和娱乐游戏机中心等公众娱乐场所，以及商营浴室、私家泳池、殡仪馆、殓葬商、屠房和厌恶性行业均须申领行业牌照。
暂准牌照
为方便食物业尽早开业，本署推行暂准牌照制度。根据这个制度，本署会向已符合卫生、楼宇安全和消防安全等重要规定的处所签发暂准食物业牌照。暂准牌照的有效期为六个月，在这段期间，持牌人须履行所有尚未办妥的规定，才可获发正式牌照。
年内，本署共接获2,190宗食物业暂准牌照的申请，并发出1,567个暂准牌照。由二零零一年开始，牌照申请人可在食物业暂准牌照签发处的柜台领取暂准牌照。
已处理的牌照申请及签发的牌照
年内，本署共接获和处理2,437宗食物业牌照(包括1,167宗食肆牌照)申请、864宗售卖限制出售食物许可证申请、890宗公众娱乐场所牌照申请及60宗其他行业牌照申请。负责处理牌照申请的三个牌照办事处，分别设于港岛、九龙和新界。
本署亦发牌予两间戏院、八间娱乐游戏机中心、一个会堂、六间商营浴室、49个私家泳池和六名殓葬商。
签发酒牌
酒牌局于二零零零年一月一日成立，是独立的法定机构。拟售卖酒类饮品的人士，须先向该局申领酒牌。
酒牌局通常每两星期举行两次会议，处理有争议的申请个案。该局行使法例赋予的权力，定期检讨与发牌和监管领有酒牌处所有关的政策。酒牌局的行政及文书服务，由本署人员提供。
至于没有争议的新领酒牌、酒牌续期、转让及修订等申请，酒牌局把批准申请的权力，转授予本署署长、副署长(环境卫生)、助理署长(行动)及酒牌局秘书。
年内，酒牌局接获711宗酒牌及会社酒牌申请，并签发了618个新牌照。此外，共有4,297个酒牌及会社酒牌获准续期。
酒牌局定期举办酒牌事务研讨会，让申请人和持牌人知悉有关的法律责任和妥善管理其处所的责任。年内，该局为554名酒牌申请人及持牌人举办了11个研讨会。
巡查工作
为确保持牌食物业处所遵守发牌及持牌条件，并符合法例订明的卫生标准，卫生督察定期巡视和检查这些处所。卫生督察除日常巡查外，亦进行突击巡查和正式巡查。至于戏院、商营浴室及私家泳池等获发行业牌照的处所，卫生督察也会定期巡查。
二零零三年二月十日，本署采用"以风险评估为本"的巡查制度，目的是集中资源，更频密巡查风险较高、卫生水平较低的食物业处所。此外，巡查工作的重点除了一般的卫生检查外，更着重食物安全检查，以及即场提供卫生教育。
执法工作
食物业经营者如违反公众卫生法例会被检控。根据本署推行的违例记分制，他们如屡犯不改，牌照可能会被暂时吊销或取消；如多次违反持牌条件，也会被暂时吊销或取消牌照。此外，本署严厉对付无牌食物业处所，措施包括检控违例者、即时拘捕屡犯者，以及申请封闭他们经营的处所。
为了更有效对付无牌经营及不合卫生的食物业处所，立法会在二零零二年年初通过修订法例，订立迅速而有效的机制，封闭无牌经营或对市民健康构成即时危害的食物业处所。新法例由二零零三年二月十四日起生效。
在二零零三年的下半年，本署在三个处所抽取的鱼缸水样本中发现霍乱弧菌，本署署长于是行使新法例赋予的权力，向该等处所发出封闭令。此外，本署又向法庭取得四份封闭令，封闭无牌食物业处所。
二零零三年对持牌及无牌食物业处所采取执法行动的统计数字
| 持牌食物业处所 | |
|---|---|
| 持牌食物业处所数目 | 18,788 |
| 巡查次数 | 264,585 |
| 检控宗数 | 3,897 |
| 被暂时吊销牌照数目 | 188 |
| 被取消牌照数目 | 3 |
| 无牌食物业处所 | |
| 正在申领牌照的无牌食物业处所数目 | 819 * |
| 并无申领牌照的无牌食物业处所数目 | 229 # |
| 巡查次数 | 40,381 |
| 检控宗数 | 1,493 |
| 即时拘控 | |
| 扫荡次数 | 80 |
| 被捕人数 | 140 |
| 其间发出禁止令数目 | 14 |
| 其间发出封闭令数目 | 4 |
* 二零零三年一月一日至十二月三十一日期间，正在申领牌照的无牌食物业处所总数。
# 二零零三年一月一日至十二月三十一日期间，并无申领牌照的无牌食物业处所总数。
年内，本署对无牌烧腊工场采取了16次扫荡行动，检控了一人。
卫生经理／卫生督导员计划
为使食物业处所加强监督食物安全，本署计划在二零零四年年底推行"卫生经理／卫生督导员计划"，规定食物业处所必须委任一名卫生经理／卫生督导员，作为其中一项发牌或续牌条件。自二零零一年十二月起，本署为持牌食物业处所的督导级员工免费提供卫生督导员培训课程。至于卫生经理培训课程，持牌人则须自费为员工安排。卫生经理的培训课程约需16至20小时，视乎个别学术／职业培训机构所提供的课程而定；培训卫生督导员的课程则约需六小时。截至二零零三年年底，本署举办了531个卫生督导员课程，共有19,380人修读，而培训机构培训了大约3,199名卫生经理。
屠房
香港的鲜肉(即牛肉、猪肉和羊肉)是由上水屠房、荃湾屠房及长洲屠房三间私营屠房供应。除监管持牌屠房的运作，确保其环境及卫生标准符合规定外，本署还打击非法屠宰活动。
为保障市民健康，在持牌屠房屠宰的牲口在屠宰前和屠宰后均须接受检验，以确保市场售卖的肉类适合供人食用。年内，本署对非法屠房采取了454次扫荡行动，检控了六人，并检获1,800公斤猪肉和猪只屠体。本署亦对新鲜粮食店和街市肉档进行了21,138次突击巡查，以查核所售卖的肉类是否由未经核准的来源提供，结果检控了九人。
本署也密切监察把进口冰鲜肉类当作新鲜肉类出售的违规活动。