环境卫生
本署其中一项主要职责，是保持香港市民居住环境清洁卫生。本署在这方面提供的服务，包括清洁街道、收集垃圾、提供公厕、公众街市和火葬场，以及管理小贩。
清洁街道
本署约有4,000名洁淨工人，负责每天清扫及清洗全港街道、收集垃圾，以及管理公厕、公众浴室和垃圾收集站。
要保持市容整洁就必须清扫街道。从清晨到晚上，都有清扫工人工作。清扫街道的次数由每天一次至八次不等，不分昼夜，视乎个别地区的需要而定。主要的商业区和旅游地点的街道，每天约清扫四次至八次。
由二零零一年十一月开始，本署针对地区的环境卫生问题，推行多项新的清洁措施，包括调派长驻街道清洁值勤员在繁忙地点，即时清理街上的垃圾、清除非法张贴的招贴或海报，以及派遣流动洁淨队清理卫生黑点。
除人手清扫街道外，本署的承办商还使用机动扫街车，清洁公路、天桥、道路中央分隔栏和其他车辆来往频繁的地区。如有需要，本署会派出特别洁淨队清理卫生黑点。洁淨队配备货车、客货车和洗街车，可随时出动，并积极参与大规模行动，清理体积较大的弃置物品，以及清扫工人无法处理的笨重物件。如发生交通意外或天灾，特别洁淨队负责紧急的清理工作。
要保持行人道、小巷、小贩区及街头垃圾收集站清洁，就必须清洗街道。街道清洗服务除由承办商提供外，本署亦有53辆洗街车，日夜清洗街道。各区的清洗次数各有不同，繁忙大街、街市及小贩区每天清洗一次，乡村道路则在有需要时才清洗。至于交通非常繁忙的主干道，冲洗方法是利用高压把水喷洒在排水明渠和中央分隔栏处。
此外，路边的沟渠每两星期以人手清理一次，每次清理后加入灭蚊油，以防蚊子滋生。至于高速公路和天桥上的集水沟隔，则须使用特别设备每六星期清理一次。现时，本署调配署内的八辆机动清渠车和承办商的六辆机动清渠车，提供清渠服务，并通常在午夜过后车辆较少时，派出机动清渠车清渠。
收集垃圾
为方便市民，本署在差不多每个巴士站、主要路口、渡轮码头大堂、交通交汇处、地下铁路及九广铁路各站出口，都设有废屑箱，清倒的次数视乎收集量而定，由每天四次至八次不等。本署共设置18,000多个废屑箱，还有约426个狗厕和556个狗粪收集箱，方便养狗人士。
为鼓励市民监察本署洁淨服务员工及承办商的工作表现，本署在废屑箱上列明清倒次数。另外，所有新的废屑箱上均注明热线电话号码2868 0000，方便市民查询及投诉。
本署在全港各处共设有2,924个垃圾收集站，其中包括157个永久离街垃圾收集站、95个临时垃圾收集站，814个乡村式垃圾收集站和1,858个垃圾桶放置处。垃圾收集站有不同的设计，以配合实际需要和实地环境。垃圾收集站是用作暂时贮存街道和住户废物，以待收集处理。只要情况容许，本署会改善现有废物收集服务，务求尽量减少对附近居民可能造成的滋扰。
本署从公众垃圾收集站收集住户废物，每天至少一次。垃圾收集站的开放时间通常是上午七时至下午三时三十分；繁忙地区的垃圾收集站会开放至晚上十一时三十分。本署的车队共有387辆垃圾收集车，负责把各垃圾收集站的废物运往废物处置地点。本署每天大约收集到5,955公吨住户废物，其中港岛占1,330公吨，九龙1,890公吨，新界和离岛2,735公吨。本署车队会把这些废物运往环境保护署辖下的废物转运站或堆填区处理。
减少废物
为响应政府的减少废物纲要计划(1998-2007)，本署已在公共地方及政府辖下场地设置1,027个物料回收站，收集废纸、铝罐及胶樽。本署会在新建的垃圾收集站预留地方，设置物料回收站，以便分开收集及贮存可循环再造的物料。
本署收集到的可循环再造物料日益增加，显见废物分类回收计划得到市民的支持。年内，每月收集到可循环再造物料的平均重量，分别为废纸28,496公斤、铝罐950公斤及胶樽12,150公斤。
为配合政府推行保护环境及减少废物的环保政策，本署已参与采用翻新轮胎试验计划。这项计划不但减少弃置旧轮胎的数目和减轻车辆的维修成本，更能达到减少废物的目的。本署初期只选择垃圾收集车试用翻新轮胎，如试验成功，便会把计划推广至其他类别的车辆。
公厕及公众浴室
为了改善现有的公厕设施，本署展开公厕翻新计划。年内，已改善了35个公厕(27个在市区，八个在新界)的设施。本署会继续提高公厕的卫生、安全和舒适水平。现时所有公厕均有免费厕纸供应。
公厕主要设在渡轮码头大堂、巴士总站、郊游地点、旅游点及其他繁忙地区。由本署负责管理的公厕共有306个，其中99个在港岛，67个在九龙，140个在新界及离岛。此外，另有569个化粪式厕所设在新界和离岛。
本港一些旧区现时仍有设备不合标准的住宅楼宇。本署在这些地区共设置33个公众浴室，其中10个在港岛，13个在九龙，10个在新界及离岛。
环境卫生滋扰
如有冷气机滴水、垃圾堆积，以及因排水管损坏而引致楼宇渗水等环境卫生滋扰，本署会向有关人士发出劝诫信和法定妨扰事故通知。
违反清洁法例的行为
本署所有卫生督察、管工及小贩管理职系人员，均获授权向违反清洁法例人士发出传票。除了日常的执法行动外，本署亦采取突击行动检举垃圾虫。年内，本署向违反清洁法例的人士发出10,680张传票，罚款总额为696万元。法庭判处的罚款平均为每宗个案652元。
立法会于二零零一年七月十二日通过《定额罚款(公众地方洁淨罪行)条例草案》。新法例订明在公众地方乱抛垃圾、随地吐痰、未经准许而展示招贴或海报，以及让狗粪弄污公众地方均属违例罪行。违例人士会被判定额罚款600元。年内，本署共发出8,934张定额罚款通知书。
小贩管理
为贯彻执行减少街头贩卖活动的政策，本署已停止签发新的小贩牌照，并迁置合资格的持牌小贩在公众街市和熟食中心／市场经营。此外，本署又向小贩提供优惠，鼓励他们放弃牌照或迁入上述场所经营。这些措施实施后，持牌小贩(包括固定摊位小贩和流动小贩)人数在二零零二年年底已减至8,575名。
年内，共有33名流动小贩自愿交回牌照，以换取三万元特惠金或一个空置的固定摊位经营权，或以优惠租金租用一个街市档位。此外，一名熟食档经营者根据本署持续推行的购回小贩牌照计划自愿交回牌照，以换取六万元特惠金。
管理和管制小贩的任务，由一支受过训练的队伍负责。这支队伍约有2,500人，编为194支小贩事务队，支援设施包括控制中心和捡获货物仓库。如有需要，警署内会设立小贩处理中心，方便办理检控被捕小贩的手续。
环境卫生人员定期巡视固定摊位，确保小贩遵守持牌条件和相关法例。他们又负责管理在街上贩卖的流动小贩，如有需要，会采取执法行动，遏止违例情况。二零零二年，被定罪的个案共有2,084宗。
鉴于当前的经济状况，本署修订了对街头贩卖活动的执法策略，自二零零一年十二月起，对售卖非食物类干货的小贩采取较容忍的态度。
公众街市及熟食中心／市场
公众街市及熟食中心／市场的设立，对改善香港整体环境极为重要。本港现时有82个公众街市，共15,103个档位，售卖各种货品，由新鲜食物以至家居用品都有。此外，本港还有38个熟食中心和24个独立熟食市场，共1,048个档位。在二零零二年七月，北区一个新街市正式启用，另有四个街市现正兴建或筹划兴建中。
所有公众街市摊档均以竞投方式租出，档户须与本署签订租约。根据现行政策，大部分档户享有租金减免优惠。
本署现正在花园街街市、红磡街市、北葵涌街市和士美非路街市推行街市经理试验计划。计划的主旨是从私营机构聘请资历较高并在专业管理方面有较多经验的人士，专责管理公众街市，从而为公众街市的管理注入新意念和新构思，以便日后评估公众街市管理工作能否进一步改善。
本署街市职员每天会巡视街市的所有档位，确保档户遵守租约条文及有关法例。卫生督察则会定期巡查肉食、家禽、鲜鱼和熟食档，确保食物卫生及档户遵守相关的卫生守则和法例，保持食物清洁卫生。如有需要，他们会向违例人士采取执法行动。在二零零二年，被定罪的个案共1,509宗。
坟场及火葬场
本署辖下的六个火葬场和11个公众坟场，提供有效率及庄严得体的火葬及土葬服务。此外，本署还管理28个私营坟场，并监察其运作。政府鼓励市民采用火葬而不选择土葬。年内，本署为28,434名死者(占死亡人数82.9%)提供火葬服务。八个纪念花园设有137,939个灵灰龛，本署以合理价格售予市民安放骨灰。
在公众坟场土葬的遗骸，必须于六年后捡拾，然后火化或重葬于金塔坟场。鉴于红磡市立殡仪馆的使用率偏低，而市民对私人殡仪馆的需求较高，本署已于二零零二年年初，把红磡殡仪馆的殡葬服务外判。
由于本港人口老化，以及市民对火葬服务的需求不断增加，本署现正计划改善火葬设施。
新设施
本署已获得拨款，用以更换葵涌火葬场的四个火化炉。新的火化炉将于二零零三年年初投入服务。
为了提高服务效率，并尽量减少火葬设施对环境的影响，只要情况许可，本署会兴建可增加火化量和缩短火化时间，但不会影响环境的火葬设施。本署现正积极计划更换富山火葬场和钻石山火葬场的火化炉。
本署亦计划分期改善火葬场的仪式礼堂。歌连臣角火葬场西式礼堂的翻新工程将于二零零三年展开。
本署辖下有六个公众火葬场：歌连臣角火葬场、钻石山火葬场、富山火葬场、和合石火葬场、葵涌火葬场和长洲火葬场。为方便市民预订公众火葬场的火化时段，本署于湾仔胡忠大厦和九龙长沙湾政府合署设有预订办事处，市民可亲自前往办理预订手续。