本署另一項主要職責，是保持香港的居住環境清潔衞生。有關服務包括清潔街道；收集廢物；管理公廁、公眾街市、墳場、火葬場及骨灰安置所；以及管理小販。
打擊衞生黑點
由政務司副司長領導各部門合力打擊全港衞生黑點的「政府打擊衞生黑點計劃」已於二零二二年八月展開，分階段確定了約730個衞生黑點，當中約240個黑點由食環署主責，主要位於街道或後巷。經各部門的努力，730多個黑點中，超過九成的衞生情況在二零二四年初已大有改善，達到行政長官於二零二二年《施政報告》中為計劃訂下的績效指標，即在二零二三年年底前至少消除75%的衞生黑點。本署會繼續改善及監察各個黑點的衞生情況。
執行公眾潔淨法例
為解決非法棄置垃圾黑點因頻繁棄置垃圾所引致的環境衞生問題，本署已在470個此類黑點安裝網絡攝錄機，以遏止違例棄置垃圾的情況及改善環境衞生。本署會密切監察該些目標黑點，並因應實際情況適當調整行動計劃，包括適時遷移攝錄機，以加強執法成效。
此外，本署已設立了46支專責執法小隊，處理違反公眾潔淨法例的罪行。該小隊集中在各區公眾潔淨罪行頻發的黑點加強執法，利用網絡攝錄機的錄像資料協助調查個案和制訂行動策略，並派發單張和警告告示，向市民傳遞環境衞生信息。
網絡攝錄機
街道潔淨
本署及潔淨服務承辦商轄下共有約13,400名潔淨工人，提供多項公眾潔淨服務，包括清掃和清洗街道、清理溝渠、收集廢物，以及管理公廁和垃圾收集站。本署把大約82%的街道潔淨服務外判，並設立監察和懲處機制，確保承辦商提供的服務符合要求。
清掃街道對保持市容整潔非常重要。潔淨工人每天以人手清掃所有街道一至四次，以切合個別地區的特定需要。行人眾多的地區或熱門旅遊點，則每天清掃多達八次。
除了以人手清掃街道外，本署也會調配機動掃街車清掃快速公路和行車天橋。如有需要，本署會調派特別潔淨隊處理棄置垃圾黑點。潔淨隊配備貨車，用以清理掃街工人無法處理的大件棄置物品和笨重廢物。遇有交通意外，潔淨隊亦會負責緊急清理工作。
路邊的溝渠每兩至四星期以人手清理一次。快速公路和行車天橋的集水溝氣隔每六星期以機械清渠車清理一次，清理工作會在午夜後車輛較少時進行。
本署在多處公眾地方（包括巴士站、主要路口及公共運輸交匯處）設置了大約11,100個廢屑箱，以收集行人丟棄的垃圾。視乎個別地區的需要，廢屑箱每天清倒一至八次。此外，本署提供約430個狗廁所和1,900個狗糞收集箱。
本署定期清洗公眾地方，包括行人道、里巷、小販密集地區和衞生黑點。本署人員與街道潔淨服務承辦商員工組成121支洗街隊，提供日間和晚間清洗街道服務，清洗次數會視乎個別地區的需要，由按需要而定至每天清洗不等。我們更採用高速清洗盤，以便迅速清理行人道的頑固污漬。至於交通繁忙的主幹道路，由於難以提供一般的清洗服務，潔淨工人會在非繁忙時間進行沖洗。
進行二零二四年全港歲晚清潔大行動，加強清潔食環署轄下場所及公眾地方。
收集垃圾
全港設有3,397個垃圾收集站，包括163個永久離街垃圾收集站、九個臨時垃圾收集站、907個鄉村式或臨時構築垃圾收集站，以及2,318個放置垃圾桶的地點，每天收集約5,770公噸家居和街道廢物，運往廢物轉運站或堆填區處理。本署把大約80%的垃圾收集服務外判，並設立監察和懲處機制，確保廢物收集承辦商提供的服務符合要求。
為提升鄉郊地區垃圾收集服務的成效，並改善環境衞生，本署在現有服務地點積極更新並配置廢物收集設施，包括具備自動化功能的太陽能鋁質垃圾收集站、太陽能垃圾壓縮機和廢物壓縮箱。
為持續改善香港的居住環境，本署會繼續在配備現代化設施的密封式建築物內興建新的離街垃圾收集站。
元朗洪元路新落成的永久垃圾收集站已在二零二四年十二月底啓用，取代洪堤路的鄉村式垃圾收集站。二零二三年六月，本署開始在位於安達臣道石礦場發展用地的安愉道興建另一個新的永久垃圾收集站，工程預計在二零二五年年底完成。
清潔公廁
本署共管理811個公廁，港島區有90個、九龍區62個、新界區659個。此外，新界區設有29個旱廁。
為保持公廁清潔，除了定期進行徹底潔淨外，本署會在位於人流暢旺地區及旅遊景點的公廁安排廁所事務員值勤，提供即時潔淨服務。本署與機電工程署合作開發的「智能公廁系統」已在14個公廁試行。
本署於十一月四日舉行傑出廁所事務員頒獎典禮，表揚傑出廁所事務員的貢獻。
在十一月十九日由香港廁所協會舉辦的年度最佳公廁選舉中，本署再度蟬聯金獎及銀獎。
本署已在部分公廁採用嶄新空氣淨化技術，利用催化化學反應，高效地分解空氣中的污染物及異味分子，從而消除氣味。約70個公廁裝有此類空氣淨化系統。
本署繼續善用科技，已在四個公廁安裝及試驗「納米氣泡臭氧產生系統」以減少氣味，並研究在暢通易達洗手間內使用移動傳感器，以偵測使用者跌倒及沒有移動的情況。
納米氣泡臭氧產生系統
二零一九至二零年度的《財政預算案》公布，政府預留約六億元推行優化公廁翻新計劃（公廁翻新計劃），在二零一九至二零年度至二零二三至二四年度分階段為約240個本署管理的公廁展開翻新或優化工程，以改善公廁的設施和提高公廁的清潔和衞生水平。自此，每年翻新的公廁數目顯著增加。在二零二四年，27個公廁完成翻新或優化工程，包括兩個位於主要旅遊景點的公廁。為加快完成公廁翻新計劃下的工程項目，並開始籌劃下一階段的工作，政府在《2022年施政報告》宣布於二零二四年至二零二八年間陸續展開約430個公廁的翻新工程。截至二零二四年十二月三十一日，331個公廁的翻新或優化工程正在進行或處於籌劃階段。
環境衞生滋擾
本署負責處理環境衞生滋擾問題，包括冷氣機滴水和垃圾堆積問題，並與屋宇署組成聯合辦事處處理樓宇滲水個案。二零二四年，本署處理上述三類環境滋擾投訴個案的數目分別約為34,700宗、7,800宗和47,300宗。本署會向有關人士發出勸諭信和法定妨擾事故通知，以確保問題獲得處理。
為有效推廣有關樓宇滲水的知識，年內，聯合辦事處轄下的顧客服務小組在各區為市民和物業管理公司舉辦共151個教育及宣傳活動，包括設置宣傳攤位和舉行研討會，以提高公眾對滲水事宜的認知、釐清相關業主的維修和管理責任，以及重點介紹政府在處理樓宇滲水方面的工作。
本署於二零二二年七月一日在私人屋苑推行簡化的「物業管理公司協助處理住宅樓宇滲水計劃」。根據計劃，參與的物業管理公司職員負責找出樓宇單位的滲水源頭，並通過協調和向居民提出建議，促使有關問題以調解或民事訴訟方式解決。二零二四年，94間參與計劃的物業管理公司合共接獲逾2,700宗滲水個案，當中超過1,900宗已通過協調、調解、改善工程或維修屋苑公用地方等方式解決。
冷氣機滴水引致的妨擾個案主要集中在夏季發生，為應付該段期間大幅增加的工作量，自二零一七年起，本署聘請合約員工組成專責小組，針對冷氣機滴水問題嚴重的樓宇加強巡查、勸諭和教育工作，以及採取執法行動。截至二零二四年，本署設有九支有關專責隊伍，務求能更有效處理冷氣機滴水的問題。
小販管理
政府的一貫政策是妥善規管持牌擺賣活動，並對無牌小販採取執法行動。對於無牌售賣熟食或限制出售食物，或在主要通道、行人絡繹不絕的地方或市民經常投訴的地點擺賣，本署一律依例執法。如非上述情況，本署執法人員一般採取「先警告、後檢控」的方針行事。我們會繼續按照上述方針，監察街上擺賣活動。
截至二零二四年年底，本港共有4,848名持牌固定攤位小販和233名持牌流動小販。
本署有171隊受過訓練的小販事務隊小隊，成員約為2,400人，負責小販管理和管制工作。
小販管理人員定期巡視固定小販攤位，並規管在街上擺賣的流動小販，確保小販遵守持牌條件和相關法例。此外，人員亦會採取執法行動，遏止持牌小販違例擺賣和取締非法擺賣活動。二零二四年，涉及擺賣而被法庭定罪的違例個案共有5,025宗。
店鋪阻街問題
店鋪非法擴展營業範圍屬街道管理事宜，涉及多個政府部門的職權範圍，不同部門各司其職。本署優先就阻塞街道致妨礙清掃工作、違例販賣或食物業非法擴展營業範圍等個案採取執法行動，並致力參與打擊店鋪阻街的跨部門工作。二零二四年，當局就店鋪阻街分別提出1,272宗檢控和發出1,290張定額罰款通知書。
為更有效處理店鋪擴展營業範圍以致阻塞公眾地方的問題，本署聯同警方以新策略執法，除加強檢控違例的店鋪經營者外，亦會移除未有在警方指定期限內清除的阻礙物，藉此增加店鋪經營者違規阻街的代價，增強阻嚇作用。二零二四年，本署與警方進行共1,688次新模式的聯合執法行動，多區的店鋪阻街問題已顯著改善。
《定額罰款（公眾地方潔淨及阻礙）條例》（第570章）於二零二三年修訂後，店鋪阻街罪行的定額罰款金額已由1,500元提高至6,000元。
年宵市場
本署在二零二四年二月四日至十日期間於13個地區設立15個年宵市場，並在二月七日至二十四日期間設立沙田車公誕市場，以及在二月十日至二十四日期間設立大埔林村放馬莆新春市場。這些市場合共設有約910個攤位，售賣時花植物，供市民選購年花，迎接新歲。
公眾街市及熟食場地
本署管有74個濕貨街市，設有約12,500個攤檔，售賣新鮮食物以至家居用品等貨品。此外，還有38個熟食中心和22個獨立熟食市場，設有約930個攤檔。截至二零二四年年底，有11,147個攤檔租出、1,209個攤檔空置，而1,178個攤檔則因為遷置安排和翻新工程等原因而被凍結。攤檔一般以競投方式出租。
在二零二四年，為了增加公眾街市的人流，本署舉辦多項推廣活動，包括在重要節日期間加設裝飾和舉辦慶祝活動，以及舉辦攤位遊戲、工作坊和紀念品換領活動。
衞生督察和街市人員定期巡視街市，確保攤檔經營者遵守法例、衞生守則和租約條款。在二零二四年，本署檢控違例街市攤檔經營者的個案有649宗。
為保持街市潔淨，本署的街市服務承辦商自二零二三年七月起增加清潔街市的次數。本署亦分階段處理檔戶的違規問題，首階段優先處理嚴重違規（包括非法佔用公用地方、阻礙無障礙設施和干擾公共設施正常使用）及／或影響消防安全的情況。在二零二四年，本署就嚴重違規事項發出336次口頭警告、97封警告信和636張傳票。此外，本署於二零二四至二五年度至二零二五至二六年度期間，在約40個分別設於約30個公眾街市和熟食市場內的廁所（每個均設有男廁、女廁及／或暢通易達而無分性別的洗手間）進行優化工程。
政府現正推展多個新公眾街市項目，包括興建中的天水圍、將軍澳及古洞北新發展區新街市項目。
本署正推展街市現代化計劃（現代化計劃）。荔灣街市完成全面翻新後，已於二零二四年三月正式重開。同時，本署在現代化計劃下進行優化攤檔工程。皇后街熟食市場是優化攤檔先導計劃的項目，已於二零二四年九月正式全面復業。此外，本署已為16個街市進行小型翻新或改善工程，其中14個街市的工程已經完成。
在「街市現代化計劃」下，荔灣街市經全面翻新後於二月二日分階段投入服務。
全面翻新的荔灣街市於三月一日舉行開幕典禮，標誌着街市正式重開。
「街市現代化計劃」下的優化攤檔先導項目—皇后街熟食市場—於九月十二日正式全面復業。
本署未來會繼續推展現代化計劃下的項目，包括計劃在鴨脷洲街市熟食中心、聯和墟街市熟食中心和漁灣街市（包括熟食中心）進行優化攤檔工程。
此外，政府一直推展措施以改善公眾街市的經營環境，包括在適當情況下更換老化的升降機和扶手電梯、改善通風與照明系統和消防設備，以及翻新外牆和廁所等。我們已預留5.87億元，分階段為40個公眾街市更換79部升降機和167道扶手電梯。
防治蟲鼠
食環署是政府的防治蟲鼠顧問，負責處理影響公眾衞生的蟲鼠問題。在防治蟲鼠的工作上，本署多管齊下，一方面持續改善環境衞生，另一方面善用除害劑，同時參照世界衞生組織的最新建議，不斷優化防治蟲鼠的方法和技術。此外，本署與防治蟲鼠業界緊密合作，交流意見，共同維持業界防治蟲鼠工作的專業水平。
蚊患的風險評估及監察
本署於全港64個監察地區設置誘蚊器監察病媒蚊子，每月公布誘蚊器指數（即發現白紋伊蚊的活動地點的百份比）和密度指數（即每個有白紋伊蚊的誘蚊器內平均收集到的成蚊數目），以便有關政府部門、市民和物業管理公司適時採取防蚊措施。二零二四年，社區的平均誘蚊器指數和平均密度指數分別為3.7%和1.3%。此外，本署針對傳播瘧疾的蚊子，在約600條溪澗進行防治工作。年內，防治工作取得滿意成果，本港並無瘧疾傳播。
二零二四年的跨部門滅蚊運動分三期進行，於各區的公眾街巿、住宅樓宇、街道和後巷、建築地盤、空置土地及路旁工地等位置進行一連串的清除積水及防治蚊患行動。年內，本署進行了約789,000次巡查，發現及清除約73,900個蚊子滋生地方，並發出約10封警告信及約140張傳票。對於任由蚊子在其處所滋生的人士，本署亦採取法律行動予以檢控。
鼠患的風險評估及監察
本署於二零二四年起全面使用熱能探測攝錄機配以人工智能技術進行鼠隻活動調查。調查每半年一次在全港各區進行，運用人工智能技術協助分析熱能影像中鼠隻有否出現，並根據分析結果計算該區的「無鼠百分比」。「無鼠百分比」是一項有效的指標，讓本署可以因應鼠隻活動調查的結果，有效調配資源，採取針對性的防治鼠患措施。二零二四年上半年及下半年的全港整體「無鼠百分比」分別為95.1%及94.0%。此外，本署持續進行鼠蚤調查，以評估鼠疫傳染給人類的風險。二零二四年，各海旁區及口岸區的整體鼠蚤指數為0.38，而各寮屋區的整體鼠蚤指數則為零，顯示鼠疫傳染給人類的風險屬低。
熱能探測攝錄機
由於老鼠通常在夜間活動，本署自二零二二年七月起於全港各區設立夜間防治鼠患流動隊，在深夜時段於鼠患較嚴重的地點利用捕鼠器進行持續及密集式的捕鼠工作，以加強滅鼠成效。二零二四年，夜間防治鼠患流動隊共捕獲約51,100隻活鼠，佔本署捕獲的活鼠總數約57%。
除了執行常規防治鼠患工作外，本署每年都會舉辦跨部門全港滅鼠運動和全力支持由環境及生態局牽頭的「各界攜手，全港滅鼠行動」，推動市民參與防治鼠患。二零二四年，本署針對全港97個鼠患主要黑點進行策略性滅鼠行動，清除了約65%的鼠患主要黑點（共63個），達到《二零二三年施政報告》訂下的績效指標。年內，本署在各區共處理了約10,800宗鼠患個案、發出約90封警告信、捕獲約89,600隻活鼠及收集約33,200隻死鼠，並堵塞約16,700個鼠洞。
滅鼠約章
本署在二零二四年十二月三十一日為住宅處所推出《滅鼠約章》，以提高居民對保持環境衞生的意識和養成良好的習慣，共同向締造無鼠環境的目標邁進。任何私人住宅、香港房屋協會、過渡性房屋、資助出售房屋、租置計劃屋邨的物業管理公司／業主立案法團／居民組織均可簽署約章，成為本署的合作伙伴。參與者承諾採取有效措施，包括委派人員擔任滅鼠聯絡大使負責統籌住宅屋苑或大廈內防治鼠患工作，進行常規巡查，安排所需的修葺和保養並在屋苑或大廈內提供適當的潔淨和垃圾清理行動，監察所聘用的防治蟲鼠服務承辦商的質素和表現，以及妥善保存防治蟲鼠工作的相關紀錄等。
監控媒傳疾病
香港需要提防瘧疾、登革熱、寨卡病毒感染、日本腦炎、基孔肯雅熱、鼠疫、叢林斑疹傷寒、斑疹傷寒、斑疹熱及漢坦病毒感染等媒傳疾病。本署與衞生署等多個政府部門合作，採取適當的病媒防控措施，並會在接到媒傳疾病的報告後立即展開調查。按照國際衞生規例的規定，本署特別在機場設立多個監測站。二零二四年，本署進行約900次蚊患調查，港口每月白紋伊蚊誘蚊器指數低於1.2%，而鼠蚤調查錄得的鼠蚤指數則為零。
另外，粤港澳三地專家亦保持定期溝通，就港珠澳大橋交換監察結果，以更了解在各自管轄範圍內的病媒分布情況。