本署另一项主要职责，是保持香港的居住环境清洁卫生。有关服务包括清洁街道；收集废物；管理公厕、公众街市、坟场、火葬场及骨灰安置所；以及管理小贩。
打击卫生黑点
由政务司副司长领导各部门合力打击全港卫生黑点的「政府打击卫生黑点计划」已于二零二二年八月展开，分阶段确定了约730个卫生黑点，当中约240个黑点由食环署主责，主要位于街道或后巷。经各部门的努力，730多个黑点中，超过九成的卫生情况在二零二四年初已大有改善，达到行政长官于二零二二年《施政报告》中为计划订下的绩效指标，即在二零二三年年底前至少消除75%的卫生黑点。本署会继续改善及监察各个黑点的卫生情况。
执行公众洁净法例
为解决非法弃置垃圾黑点因频繁弃置垃圾所引致的环境卫生问题，本署已在470个此类黑点安装网络摄录机，以遏止违例弃置垃圾的情况及改善环境卫生。本署会密切监察该些目标黑点，并因应实际情况适当调整行动计划，包括适时迁移摄录机，以加强执法成效。
此外，本署已设立了46支专责执法小队，处理违反公众洁净法例的罪行。该小队集中在各区公众洁净罪行频发的黑点加强执法，利用网络摄录机的录像资料协助调查个案和制订行动策略，并派发单张和警告告示，向市民传递环境卫生信息。
网络摄录机
街道洁净
本署及洁净服务承办商辖下共有约13,400名洁净工人，提供多项公众洁净服务，包括清扫和清洗街道、清理沟渠、收集废物，以及管理公厕和垃圾收集站。本署把大约82%的街道洁净服务外判，并设立监察和惩处机制，确保承办商提供的服务符合要求。
清扫街道对保持市容整洁非常重要。洁净工人每天以人手清扫所有街道一至四次，以切合个别地区的特定需要。行人众多的地区或热门旅游点，则每天清扫多达八次。
除了以人手清扫街道外，本署也会调配机动扫街车清扫快速公路和行车天桥。如有需要，本署会调派特别洁净队处理弃置垃圾黑点。洁净队配备货车，用以清理扫街工人无法处理的大件弃置物品和笨重废物。遇有交通意外，洁净队亦会负责紧急清理工作。
路边的沟渠每两至四星期以人手清理一次。快速公路和行车天桥的集水沟气隔每六星期以机械清渠车清理一次，清理工作会在午夜后车辆较少时进行。
本署在多处公众地方（包括巴士站、主要路口及公共运输交汇处）设置了大约11,100个废屑箱，以收集行人丢弃的垃圾。视乎个别地区的需要，废屑箱每天清倒一至八次。此外，本署提供约430个狗厕所和1,900个狗粪收集箱。
本署定期清洗公众地方，包括行人道、里巷、小贩密集地区和卫生黑点。本署人员与街道洁净服务承办商员工组成121支洗街队，提供日间和晚间清洗街道服务，清洗次数会视乎个别地区的需要，由按需要而定至每天清洗不等。我们更采用高速清洗盘，以便迅速清理行人道的顽固污渍。至于交通繁忙的主干道路，由于难以提供一般的清洗服务，洁净工人会在非繁忙时间进行冲洗。
进行二零二四年全港岁晚清洁大行动，加强清洁食环署辖下场所及公众地方。
收集垃圾
全港设有3,397个垃圾收集站，包括163个永久离街垃圾收集站、九个临时垃圾收集站、907个乡村式或临时构筑垃圾收集站，以及2,318个放置垃圾桶的地点，每天收集约5,770公吨家居和街道废物，运往废物转运站或堆填区处理。本署把大约80%的垃圾收集服务外判，并设立监察和惩处机制，确保废物收集承办商提供的服务符合要求。
为提升乡郊地区垃圾收集服务的成效，并改善环境卫生，本署在现有服务地点积极更新并配置废物收集设施，包括具备自动化功能的太阳能铝质垃圾收集站、太阳能垃圾压缩机和废物压缩箱。
为持续改善香港的居住环境，本署会继续在配备现代化设施的密封式建筑物内兴建新的离街垃圾收集站。
元朗洪元路新落成的永久垃圾收集站已在二零二四年十二月底启用，取代洪堤路的乡村式垃圾收集站。二零二三年六月，本署开始在位于安达臣道石矿场发展用地的安愉道兴建另一个新的永久垃圾收集站，工程预计在二零二五年年底完成。
清洁公厕
本署共管理811个公厕，港岛区有90个、九龙区62个、新界区659个。此外，新界区设有29个旱厕。
为保持公厕清洁，除了定期进行彻底洁净外，本署会在位于人流畅旺地区及旅游景点的公厕安排厕所事务员值勤，提供即时洁净服务。本署与机电工程署合作开发的「智能公厕系统」已在14个公厕试行。
本署于十一月四日举行杰出厕所事务员颁奖典礼，表扬杰出厕所事务员的贡献。
在十一月十九日由香港厕所协会举办的年度最佳公厕选举中，本署再度蝉联金奖及银奖。
本署已在部分公厕采用崭新空气净化技术，利用催化化学反应，高效地分解空气中的污染物及异味分子，从而消除气味。约70个公厕装有此类空气净化系统。
本署继续善用科技，已在四个公厕安装及试验「纳米气泡臭氧产生系统」以减少气味，并研究在畅通易达洗手间内使用移动传感器，以侦测使用者跌倒及没有移动的情况。
纳米气泡臭氧产生系统
二零一九至二零年度的《财政预算案》公布，政府预留约六亿元推行优化公厕翻新计划（公厕翻新计划），在二零一九至二零年度至二零二三至二四年度分阶段为约240个本署管理的公厕展开翻新或优化工程，以改善公厕的设施和提高公厕的清洁和卫生水平。自此，每年翻新的公厕数目显著增加。在二零二四年，27个公厕完成翻新或优化工程，包括两个位于主要旅游景点的公厕。为加快完成公厕翻新计划下的工程项目，并开始筹划下一阶段的工作，政府在《2022年施政报告》宣布于二零二四年至二零二八年间陆续展开约430个公厕的翻新工程。截至二零二四年十二月三十一日，331个公厕的翻新或优化工程正在进行或处于筹划阶段。
环境卫生滋扰
本署负责处理环境卫生滋扰问题，包括冷气机滴水和垃圾堆积问题，并与屋宇署组成联合办事处处理楼宇渗水个案。二零二四年，本署处理上述三类环境滋扰投诉个案的数目分别约为34,700宗、7,800宗和47,300宗。本署会向有关人士发出劝谕信和法定妨扰事故通知，以确保问题获得处理。
为有效推广有关楼宇渗水的知识，年内，联合办事处辖下的顾客服务小组在各区为市民和物业管理公司举办共151个教育及宣传活动，包括设置宣传摊位和举行研讨会，以提高公众对渗水事宜的认知、厘清相关业主的维修和管理责任，以及重点介绍政府在处理楼宇渗水方面的工作。
本署于二零二二年七月一日在私人屋苑推行简化的「物业管理公司协助处理住宅楼宇渗水计划」。根据计划，参与的物业管理公司职员负责找出楼宇单位的渗水源头，并通过协调和向居民提出建议，促使有关问题以调解或民事诉讼方式解决。二零二四年，94间参与计划的物业管理公司合共接获逾2,700宗渗水个案，当中超过1,900宗已通过协调、调解、改善工程或维修屋苑公用地方等方式解决。
冷气机滴水引致的妨扰个案主要集中在夏季发生，为应付该段期间大幅增加的工作量，自二零一七年起，本署聘请合约员工组成专责小组，针对冷气机滴水问题严重的楼宇加强巡查、劝谕和教育工作，以及采取执法行动。截至二零二四年，本署设有九支有关专责队伍，务求能更有效处理冷气机滴水的问题。
小贩管理
政府的一贯政策是妥善规管持牌摆卖活动，并对无牌小贩采取执法行动。对于无牌售卖熟食或限制出售食物，或在主要通道、行人络绎不绝的地方或市民经常投诉的地点摆卖，本署一律依例执法。如非上述情况，本署执法人员一般采取「先警告、后检控」的方针行事。我们会继续按照上述方针，监察街上摆卖活动。
截至二零二四年年底，本港共有4,848名持牌固定摊位小贩和233名持牌流动小贩。
本署有171队受过训练的小贩事务队小队，成员约为2,400人，负责小贩管理和管制工作。
小贩管理人员定期巡视固定小贩摊位，并规管在街上摆卖的流动小贩，确保小贩遵守持牌条件和相关法例。此外，人员亦会采取执法行动，遏止持牌小贩违例摆卖和取缔非法摆卖活动。二零二四年，涉及摆卖而被法庭定罪的违例个案共有5,025宗。
店铺阻街问题
店铺非法扩展营业范围属街道管理事宜，涉及多个政府部门的职权范围，不同部门各司其职。本署优先就阻塞街道致妨碍清扫工作、违例贩卖或食物业非法扩展营业范围等个案采取执法行动，并致力参与打击店铺阻街的跨部门工作。二零二四年，当局就店铺阻街分别提出1,272宗检控和发出1,290张定额罚款通知书。
为更有效处理店铺扩展营业范围以致阻塞公众地方的问题，本署联同警方以新策略执法，除加强检控违例的店铺经营者外，亦会移除未有在警方指定期限内清除的阻碍物，藉此增加店铺经营者违规阻街的代价，增强阻吓作用。二零二四年，本署与警方进行共1,688次新模式的联合执法行动，多区的店铺阻街问题已显著改善。
《定额罚款（公众地方洁净及阻碍）条例》（第570章）于二零二三年修订后，店铺阻街罪行的定额罚款金额已由1,500元提高至6,000元。
年宵市场
本署在二零二四年二月四日至十日期间于13个地区设立15个年宵市场，并在二月七日至二十四日期间设立沙田车公诞市场，以及在二月十日至二十四日期间设立大埔林村放马莆新春市场。这些市场合共设有约910个摊位，售卖时花植物，供市民选购年花，迎接新岁。
公众街市及熟食场地
本署管有74个湿货街市，设有约12,500个摊档，售卖新鲜食物以至家居用品等货品。此外，还有38个熟食中心和22个独立熟食市场，设有约930个摊档。截至二零二四年年底，有11,147个摊档租出、1,209个摊档空置，而1,178个摊档则因为迁置安排和翻新工程等原因而被冻结。摊档一般以竞投方式出租。
在二零二四年，为了增加公众街市的人流，本署举办多项推广活动，包括在重要节日期间加设装饰和举办庆祝活动，以及举办摊位游戏、工作坊和纪念品换领活动。
卫生督察和街市人员定期巡视街市，确保摊档经营者遵守法例、卫生守则和租约条款。在二零二四年，本署检控违例街市摊档经营者的个案有649宗。
为保持街市洁净，本署的街市服务承办商自二零二三年七月起增加清洁街市的次数。本署亦分阶段处理档户的违规问题，首阶段优先处理严重违规（包括非法占用公用地方、阻碍无障碍设施和干扰公共设施正常使用）及／或影响消防安全的情况。在二零二四年，本署就严重违规事项发出336次口头警告、97封警告信和636张传票。此外，本署于二零二四至二五年度至二零二五至二六年度期间，在约40个分别设于约30个公众街市和熟食市场内的厕所（每个均设有男厕、女厕及／或畅通易达而无分性别的洗手间）进行优化工程。
政府现正推展多个新公众街市项目，包括兴建中的天水围、将军澳及古洞北新发展区新街市项目。
本署正推展街市现代化计划（现代化计划）。荔湾街市完成全面翻新后，已于二零二四年三月正式重开。同时，本署在现代化计划下进行优化摊档工程。皇后街熟食市场是优化摊档先导计划的项目，已于二零二四年九月正式全面复业。此外，本署已为16个街市进行小型翻新或改善工程，其中14个街市的工程已经完成。
在「街市现代化计划」下，荔湾街市经全面翻新后于二月二日分阶段投入服务。
全面翻新的荔湾街市于三月一日举行开幕典礼，标志着街市正式重开。
「街市现代化计划」下的优化摊档先导项目—皇后街熟食市场—于九月十二日正式全面复业。
本署未来会继续推展现代化计划下的项目，包括计划在鸭脷洲街市熟食中心、联和墟街市熟食中心和渔湾街市（包括熟食中心）进行优化摊档工程。
此外，政府一直推展措施以改善公众街市的经营环境，包括在适当情况下更换老化的升降机和扶手电梯、改善通风与照明系统和消防设备，以及翻新外墙和厕所等。我们已预留5.87亿元，分阶段为40个公众街市更换79部升降机和167道扶手电梯。
防治虫鼠
食环署是政府的防治虫鼠顾问，负责处理影响公众卫生的虫鼠问题。在防治虫鼠的工作上，本署多管齐下，一方面持续改善环境卫生，另一方面善用除害剂，同时参照世界卫生组织的最新建议，不断优化防治虫鼠的方法和技术。此外，本署与防治虫鼠业界紧密合作，交流意见，共同维持业界防治虫鼠工作的专业水平。
蚊患的风险评估及监察
本署于全港64个监察地区设置诱蚊器监察病媒蚊子，每月公布诱蚊器指数（即发现白纹伊蚊的活动地点的百份比）和密度指数（即每个有白纹伊蚊的诱蚊器内平均收集到的成蚊数目），以便有关政府部门、市民和物业管理公司适时采取防蚊措施。二零二四年，社区的平均诱蚊器指数和平均密度指数分别为3.7%和1.3%。此外，本署针对传播疟疾的蚊子，在约600条溪涧进行防治工作。年内，防治工作取得满意成果，本港并无疟疾传播。
二零二四年的跨部门灭蚊运动分三期进行，于各区的公众街巿、住宅楼宇、街道和后巷、建筑地盘、空置土地及路旁工地等位置进行一连串的清除积水及防治蚊患行动。年内，本署进行了约789,000次巡查，发现及清除约73,900个蚊子滋生地方，并发出约10封警告信及约140张传票。对于任由蚊子在其处所滋生的人士，本署亦采取法律行动予以检控。
鼠患的风险评估及监察
本署于二零二四年起全面使用热能探测摄录机配以人工智能技术进行鼠只活动调查。调查每半年一次在全港各区进行，运用人工智能技术协助分析热能影像中鼠只有否出现，并根据分析结果计算该区的「无鼠百分比」。「无鼠百分比」是一项有效的指标，让本署可以因应鼠只活动调查的结果，有效调配资源，采取针对性的防治鼠患措施。二零二四年上半年及下半年的全港整体「无鼠百分比」分别为95.1%及94.0%。此外，本署持续进行鼠蚤调查，以评估鼠疫传染给人类的风险。二零二四年，各海旁区及口岸区的整体鼠蚤指数为0.38，而各寮屋区的整体鼠蚤指数则为零，显示鼠疫传染给人类的风险属低。
热能探测摄录机
由于老鼠通常在夜间活动，本署自二零二二年七月起于全港各区设立夜间防治鼠患流动队，在深夜时段于鼠患较严重的地点利用捕鼠器进行持续及密集式的捕鼠工作，以加强灭鼠成效。二零二四年，夜间防治鼠患流动队共捕获约51,100只活鼠，占本署捕获的活鼠总数约57%。
除了执行常规防治鼠患工作外，本署每年都会举办跨部门全港灭鼠运动和全力支持由环境及生态局牵头的「各界携手，全港灭鼠行动」，推动市民参与防治鼠患。二零二四年，本署针对全港97个鼠患主要黑点进行策略性灭鼠行动，清除了约65%的鼠患主要黑点（共63个），达到《二零二三年施政报告》订下的绩效指标。年内，本署在各区共处理了约10,800宗鼠患个案、发出约90封警告信、捕获约89,600只活鼠及收集约33,200只死鼠，并堵塞约16,700个鼠洞。
灭鼠约章
本署在二零二四年十二月三十一日为住宅处所推出《灭鼠约章》，以提高居民对保持环境卫生的意识和养成良好的习惯，共同向缔造无鼠环境的目标迈进。任何私人住宅、香港房屋协会、过渡性房屋、资助出售房屋、租置计划屋邨的物业管理公司／业主立案法团／居民组织均可签署约章，成为本署的合作伙伴。参与者承诺采取有效措施，包括委派人员担任灭鼠联络大使负责统筹住宅屋苑或大厦内防治鼠患工作，进行常规巡查，安排所需的修葺和保养并在屋苑或大厦内提供适当的洁净和垃圾清理行动，监察所聘用的防治虫鼠服务承办商的质素和表现，以及妥善保存防治虫鼠工作的相关纪录等。
监控媒传疾病
香港需要提防疟疾、登革热、寨卡病毒感染、日本脑炎、基孔肯雅热、鼠疫、丛林斑疹伤寒、斑疹伤寒、斑疹热及汉坦病毒感染等媒传疾病。本署与卫生署等多个政府部门合作，采取适当的病媒防控措施，并会在接到媒传疾病的报告后立即展开调查。按照国际卫生规例的规定，本署特别在机场设立多个监测站。二零二四年，本署进行约900次蚊患调查，港口每月白纹伊蚊诱蚊器指数低于1.2%，而鼠蚤调查录得的鼠蚤指数则为零。
另外，粤港澳三地专家亦保持定期沟通，就港珠澳大桥交换监察结果，以更了解在各自管辖范围内的病媒分布情况。