本署另一项主要职责，是保持香港的居住环境清洁卫生。有关服务包括清洁街道，收集废物，管理公厕及旱厕、公众街市、坟场、火葬场和骨灰安置所，以及管理小贩。
清扫街道
本署及洁淨服务承办商辖下共有约10,800名洁淨工人，提供多项洁淨服务，包括清扫和清洗街道、清理沟渠、收集废物，以及管理公厕、旱厕和垃圾收集站。本署把大约77%的街道洁淨服务外判，并设立监察和惩处机制，确保承办商提供的服务符合要求。
清扫街道对保持市容整洁非常重要。视乎个别地区的需要，洁淨工人每天以人手清扫所有街道一至四次。行人众多的地区或热门旅游点，则每天清扫多达八次。
除以人手清扫街道外，本署也会调配机动扫街车清扫公路、天桥、道路中央分隔栏和其他交通繁忙地点。如有需要，本署会调派特别洁淨队清理卫生黑点。洁淨队配备卸斗货车，清理扫街工人无法处理的大件弃置物品和笨重废物。遇有交通意外或天灾，洁淨队还负责紧急清理工作。
本署在多处公众地方（包括巴士站、主要路口、渡轮码头及公共运输交汇处）设置废屑箱，方便行人丢弃垃圾。由于减少废屑箱安排进展良好，废屑箱的数目由约16,200个进一步减至约14,600个。本署亦使用了投入口较小的新设计废屑箱，以取代破旧的废屑箱。视乎个别地区的需要，废屑箱每天清倒一至八次。此外，本署提供约450个狗厕所和1,800个狗粪收集箱。
清洗街道
本署定期清洗公众地方，包括行人道、里巷、小贩认可区、垃圾收集站及卫生黑点。本署人员和洁淨服务承办商员工组成139支洗街队，提供日间和晚间清洗街道服务，清洗次数由按需要而定至每天清洗不等。至于交通繁忙的主干道路，由于难以提供一般的清洗服务，洁淨工人会在非繁忙时间进行冲洗。
清理沟渠
路边的沟渠每两至四星期以人手清理一次。公路和天桥的集水沟气隔每六星期以机械清渠车清理一次，清理工作会在午夜后车辆较少时进行。
收集垃圾
全港设有2,950个垃圾收集站，包括158个永久离街垃圾收集站、13个临时垃圾收集站、853个乡村式／临时构筑垃圾收集站，以及1,926个放置垃圾桶的地点。永久离街垃圾收集站的开放时间一般为上午7时至下午3时30分，繁忙地区则开放至晚上11时30分，还有一些全日24小时开放，以应付社区对有关服务的需求。垃圾收集站采用不同的设计，因地制宜，配合实际需要用作暂时存放街道垃圾和家居废物，以待收集处理。只要情况许可，本署会改善垃圾收集站，以尽量减少对附近居民可能造成的环境滋扰。垃圾收集站的废物每天至少收集一次。本署每天收集约5,750公吨家居和街道废物，其中港岛区有1,070公吨、九龙区1,750公吨、新界和离岛区2,920公吨。这些废物会运往环境保护署辖下的废物转运站或堆填区处理。本署把大约77%的垃圾收集服务外判，并设立监察和惩处机制，确保废物收集承办商提供的服务符合要求。
减少废物
为响应政府减少废物的政策，本署提供可循环再造物料收集服务，为2,867个分别设于公众地方、学校、诊所及政府场地的回收点收集废纸、金属和塑胶物料。年内，本署平均每月收集到的可循环再造物料有38,564公斤废纸、4,131公斤金属和64,168公斤塑胶物料。
此外，本署的车队尽量使用翻新轮胎。过去一年，使用新轮胎与翻新轮胎的比率为1比0.3。
公厕及旱厕
公厕主要设于旅游点及繁忙地区。由本署管理的公厕合共789个，其中港岛区有91个、九龙区62个、新界和离岛区636个。此外，新界和离岛区设有57个旱厕。
本署由二零零零年开始推行公厕翻新计划，改善公厕设计及设施，并继续致力使公厕更加卫生、安全和舒适。本署已在多个公厕安装新设施，例如红外线自动感应水龙头、干手机、专为儿童而设的尿兜和洗手盆、婴儿换尿片枱，以及厕格内供使用者挂放个人物品的衣帽钩和置物架。现时所有公厕都已装设空气清新设备、淨手消毒器及枧液器，并供应厕纸。为确保公厕时刻保持清洁，本署在使用频繁的公厕派驻厕所事务员，提供即时洁淨服务。
按照政府把性别观点纳入主流的政策，以及确保工程的设计顾及两性的需要，公厕男女厕格的规划比率一般定为1比2。本署又遵照《设计手册︰畅通无阻的通道2008》订明的现行法规，提供畅通易达而无分性别的洗手间。如情况许可，也会在新建／翻新的公厕提供长者优先厕格，以及通用洗手间。
环境卫生滋扰
本署负责处理环境卫生滋扰问题（包括楼宇渗水、冷气机滴水和垃圾堆积问题），并会向有关人士发出劝谕信和法定妨扰事故通知，以确保问题获得处理。二零一七年，本署处理上述三类环境滋扰投诉个案的数目，分别约为36,000宗、24,500宗和10,600宗。
违反清洁法例的行为及公众地方洁淨
本署的卫生督察、管工及小贩管理职系人员均获授权向干犯洁淨罪行的人发出传票。除了日常执法工作外，本署也会采取突击行动，检控乱抛垃圾者。年内，违反清洁法例而被法庭定罪的个案约有937宗。
《定额罚款（公众地方洁淨及阻碍）条例》授权执法人员向干犯轻微洁淨罪行的人发出1,500元定额罚款通知书。轻微洁淨罪行包括在公众地方乱抛垃圾、随地吐痰、未经准许而展示招贴或海报，以及让犬只粪便弄污公众地方。二零一七年，本署人员就这些违反清洁法例的行为共发出约44,840份定额罚款通知书。
个别地区的卫生黑点经常有人弃置垃圾和废物，引致环境卫生问题。为此，本署由二零一六年十二月至二零一七年六月在中西区、深水埗及元朗区六个黑点，展开安装网络摄录机试验计划，为期六个月，以加强监察违例弃置垃圾情况及策划更有效的执法行动。试验计划显示能有效改善相关黑点的卫生情况。在区议员支持下，我们会在二零一八年推展计划至所有地区。
此外，本署于二零一七年十月至十一月期间，对在各区繁忙街道上非法摆放易拉架及其他展示器具作商业宣传活动加强执法行动，以遏止有关违规情况，改善社区环境。
小贩管理
政府的一贯政策是妥善规管持牌摆卖活动，并对无牌小贩采取执法行动。对于无牌售卖熟食或限制出售食物，或在主要通道、行人络绎不绝的地方或市民经常投诉的地点摆卖，本署一律依例执法。然而，如非上述情况，本署执法人员一般采取"先警告、后检控"的方针行事。本署会继续按上述方针，监察街上摆卖活动。
截至二零一七年年底，本港共有5,341名持牌固定摊位小贩和399名持牌流动小贩。政府在二零零八至零九年就小贩发牌政策进行检讨，并就建议谘询各持份者和立法会食物安全及环境卫生事务委员会。其后，本署一直采取行动落实有关建议。
本署约有190支受过训练的小贩事务队小队，成员约为2,300人，负责小贩管理和管制工作。
小贩管理人员定期巡视固定小贩摊位，并规管在街上摆卖的流动小贩，确保小贩遵守持牌条件和相关法例。此外，他们会采取执法行动，遏止持牌小贩违例摆卖和取缔非法摆卖活动。二零一七年，涉及摆卖而被法庭定罪的违例个案共有9,471宗。
本署自二零一三年六月推出小贩资助计划，为全港43个固定小贩排档区内4,300名小贩提供财政资助以减低小贩区的火警风险后，全部共508个位于楼宇逃生楼梯出口对出或是阻碍紧急车辆救援操作的固定摊位小贩均已搬迁，有关摊位现已腾空。截至二零一七年十二月，在为数共4,329个小贩牌照中，本署收到808宗自愿交回小贩牌照以领取特惠金的申请及3,233宗重建资助申请。至今已有2,783个新摊档构筑物落成。
本署于二零一七年六月在网站推出"一档一故事"网页，透过文章、照片及短片介绍不同小贩排档区的小贩，以推广香港的市集文化。
店铺阻街问题
店铺非法扩展营业范围属街道管理事宜，涉及多个政府部门的职权范围，各部门各司其职。本署致力参与打击店铺阻街的跨部门工作，并一直采取更严厉的执法行动，遏止有关非法活动。对于在店铺阻街黑点屡犯不改者，本署直接作出检控，而非每次都事先给予警告。本署亦在行动中检取所涉货物，以提升阻吓力。本署共成立了五支店铺扩展管制特遣队，在全港各店铺阻街黑点加强执法行动。
此外，政府于二零一六年三月二十四日在宪报刊登《定额罚款（公众地方洁淨及阻碍）条例》，以定额罚款制度作为额外的执法工具，从而更快捷有效地处理店铺阻街问题。条例于二零一六年九月二十四日生效。根据有关条例，定额罚款水平订于1,500元，而本署和警务处则获赋权执行有关的定额罚款制度。截至二零一七年年底，当局已就店铺阻街提出逾4,200宗检控和发出6,860份定额罚款通知书。
年宵市场
本署于二零一七年一月二十二日至二十八日期间，在13个地区合共设立15个年宵市场，并在一月二十五日至二月十一日期间设立沙田车公诞市场和大埔林村放马莆新春市场。这些市场设有约2,100个摊位，售卖时花植物、传统食品、节日布置用品、干货和快餐等。年宵／新春市场不仅为市民和游客增添消閒购物好去处，更令农历新年倍添节庆气氛。
公众街市及熟食场地
公众街市和熟食中心／市场具备满足市民对新鲜粮食、熟食和干货需求的重要功能。本港共有76个公众街市，设有约13,370个摊档，售卖新鲜食物以至家居用品等货品；此外，还有39个熟食中心和25个独立熟食市场，共设有约1,040个摊档。截至二零一七年年底，有12,852个摊档租出、248个摊档空置、1,309个摊档因迁置安排和翻新工程等原因而被冻结。摊档以竞投方式出租，投得摊档者须与本署签订租约。
年内，本署在公众街市和熟食中心／市场举办多项推广活动，以广招徕。这些活动包括在农历新年、端午节、中秋节和圣诞节／元旦期间布置节日装饰和举办庆祝活动；举办专题活动；以及以中文、英文、菲律宾文和印尼文展示"今日买乜餸"的内容。此外，本署印制了公众街市和熟食市场资料小册子，并出版以多种语言编制的《街市内常见的食／用品及服务行业》小册子，供广泛派发。
街市管理人员每天巡视街市，确保摊档经营者遵守有关法例和租约条款。卫生督察定期巡查肉档、家禽档、鱼档和熟食档，确保摊档符合相关法例和卫生守则，以及保持食物清洁卫生。如有需要，他们会采取执管行动。二零一七年，本署检控违例街市摊档经营者的个案有1,893宗。
本署继续改善公众街市的管理和设施，以灵活的方式订定个别街市的业务性质组合，并进行推广活动，以改善公众街市的经营环境。本署除进行街市的例行保养外，还在街市进行改善工程，包括提升电力供应、照明系统和消防设备等。为确保公众街市的升降机和扶手电梯操作畅顺，本署计划分阶段更换已使用超过20年的升降机和扶手电梯。我们已预留9,000万元，供12个街市更换21部升降机和15道扶手电梯。此外，本署已成立专责队伍，全面检视所有街市的情况，有系统地改善街市设施和管理，包括全面翻新和原址重建。
本署亦开始筹划在东涌、天水围和洪水桥兴建新的公共街市设施，并考虑在这些项目的设计、建造和营运采用新的模式。
加强预防禽流感的措施
为加强防范人类感染禽流感，本署增加巡查现有130个活家禽零售点的次数，防止有人在零售处所存留活家禽过夜。在中秋节、冬至和农历新年等主要中国传统节日期间，零售点囤积活家禽的情况普遍，本署会加强巡查。
本署继续实行各项预防措施，包括：(1)在活家禽零售点收集粪便、食水、去毛机和砧板样本作禽流感病毒测试；(2)定期巡查活家禽零售点，确保零售商遵守预防禽流感的特定牌照或租约条件；(3)每天彻底清洗食环署街市的公用地方三次；(4)售卖活家禽的档户须在每日收市后清洗其摊档，然后让街市承办商再彻底清洗其摊档及消毒；(5)保持街市摊档通风系统清洁；以及(6)定期巡查有野鸟聚集的公众地方、清洗和消毒有关地点，并对餵饲野鸟而弄污公众地方的人士严厉执法。
坟场、火葬场及骨灰安置所
本署辖下有六个政府火葬场、十个公众坟场及八个公众骨灰安置所，分别为市民提供火葬及土葬服务。此外，本署根据《私营坟场规例》，监察27个私营坟场的管理。市民在公众坟场土葬先人遗骸，须于安葬六年后捡拾骨殖，然后火化或重新安葬于金塔坟场。
政府的一贯政策是鼓励以火葬取代土葬。年内，共有42,809具遗体（约占93%）火化。本署于二零一三年二月和二零一五年十二月分别完成和合石火葬场和哥连臣角火葬场的重置工程，提高有关火葬场的火化量及运作效率，以应付市民对火葬服务日益增加的需求。此外，本署又不时为火葬设施引进环保的设备。
为方便市民预订六个公众火葬场（即哥连臣角、钻石山、富山、和合石、葵涌和长洲火葬场）的火化时段，本署在港岛湾仔胡忠大厦和九龙长沙湾政府合署分别设有办事处，市民可选择亲自前往该两个办事处或由持牌殓葬商代为办理预订手续，或使用互联网预订。现时本署辖下八个公众骨灰安置所合共提供约214,300个骨灰龛位。
私营骨灰安置所
《私营骨灰安置所条例》（第630章）已于二零一七年六月三十日生效，该条例订立发牌制度，以规管私营骨灰安置所的营办。根据该条例，所有在香港营办的私营骨灰安置所均须领有指明文书（即牌照、豁免书或暂免法律责任书），而私营骨灰安置所必须领有牌照，才可出售或新出租龛位。任何人如未领有有效指明文书而营办、维持、管理或以任何其他方式控制私营骨灰安置所，即属违法，一经循公诉程序定罪，可被罚款500万元及监禁七年。
私营骨灰安置所发牌委员会于二零一七年九月八日成立，以规管私营骨灰安置所的营办和管理，以及处理指明文书申请。本署亦成立了私营骨灰安置所事务办事处，为该委员会提供行政支援和处理与实施该条例相关的事宜。
该委员会由二零一七年十二月三十日起接受指明文书的申请。
绿色殡葬
本署积极推动可持续的殡葬方式，鼓励市民在11个纪念花园或指定的香港海域撒放先人骨灰。二零一零年一月，本署推出先导计划，提供免费渡轮服务，方便家属出海撒放先人骨灰。鉴于愈来愈多市民采用这个方式处理先人骨灰，本署于二零一二年一月中旬提升海上撒灰渡轮服务，使用载客量逾300人的较大型渡轮，免费接载使用服务的市民，让家属和亲友在较宽敞的地方为先人举行悼念仪式。二零一五年八月，本署进一步增加渡轮班次至逢周六（公众假期除外）出发。二零一七年，本署处理了966宗海上撒灰和4,966宗纪念花园撒灰的申请。除免费渡轮撒灰服务外，自二零一四年清明节，本署已安排16次纪念航程，于清明节和重阳节期间接载市民到撒放先人骨灰的海域追思逝者。截至二零一七年，共有来自1,292个家庭的3,388名市民参加了纪念航程。
二零一零年六月，本署又推出"无尽思念"网上追思服务，让市民随时随地在特设网站（www.memorial.gov.hk）悼念逝去的挚爱亲友。为进一步提升服务，本署于二零一一年推出该网站的流动版（m.memorial.gov.hk）。截至二零一七年年底，该网站约有8,700名登记用户，合共设立了约10,900个纪念网页。