本署又負責管理11個公眾墳場：香港墳場、歌連臣角紀念花園、掃桿埔咖啡園墳場、新九龍8號墳場（鑽石山金塔墳場）、赤柱監獄墳場、和合石墳場、長洲墳場、大澳墳場、禮智園墳場及兩個位於沙嶺的墳場。

和合石墳場、長洲墳場、大澳墳場及禮智園墳場均設有棺木墓地。不過，如欲把死者以土葬方式安葬於長洲墳場、大澳墳場或禮智園墳場，申請人必須出示由有關鄉事委員會發出的證明書，證明死者是島上原居村民或當地居民，申請才獲批准。